持有公司100%股份的股东，确实有权更换法人。这一结论基于公司法及相关法律法规的规定，以下从不同角度为您详细分析：

一、法律依据与程序要求

根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。当公司股东持有100%股权时，意味着其对公司具有绝对的控制权，因此有权依据公司章程及相关法律法规的要求，向公司登记机关提出法人变更申请。

具体程序包括：

1. 召开股东会：虽然持有100%股权的股东可以单独作出决议，但按照公司治理的规范，仍建议召开股东会并形成书面决议，明确同意变更法人。
2. 准备相关文件：包括变更登记申请书、股东会决议、新法人的任职文件及身份证明、原法人的免职文件等。
3. 向登记机关提交申请：将准备好的文件提交至公司登记机关，申请办理法人变更登记手续。
4. 审核与变更：登记机关会对提交的材料进行审核，若材料齐全且符合法定形式，将依法办理法人变更登记手续，换发营业执照，完成法人变更。

二、实际操作中的注意事项

1. 确保程序合法：即使持有100%股权，更换法人也必须在法律框架内进行，确保公司运营的合法性、稳定性以及相关利益主体的权益得到保障。
2. 完善内部治理：虽然持有100%股权的股东可以单独作出决议，但建议完善公司内部治理结构，如制定或修订公司章程，明确法人变更的程序和要求，以避免未来可能出现的纠纷。
3. 及时办理变更登记：法人变更后，应及时向登记机关办理变更登记手续，以确保公司信息的准确性和时效性。

三、可能面临的法律后果

如果未按照法定程序更换法人，或者更换过程中存在违法行为，可能会面临以下法律后果：

1. 登记机关不予办理变更登记：如果提交的材料不符合法定形式或实质要求，登记机关可能会拒绝办理变更登记手续。
2. 承担法律责任：如果更换法人的过程中存在违法行为，如伪造文件、提供虚假信息等，相关责任人可能会承担法律责任，包括行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。

建议：在更换法人前，务必了解并遵守相关法律法规和程序要求，确保更换过程的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。