结论：实际施工人打了工程款付款条给总包单位，但实际施工人未收到工程款且不认可该付款条时，法院的处理方式会依据具体情况而定，可能涉及付款条的效力认定、实际施工人的权益保护以及总包单位的责任承担等多个方面。以下是对此问题的详细分析：
一、付款条的效力认定
形式要件：首先，法院会审查付款条的形式要件，包括是否具备明确的付款金额、付款时间、付款方式等关键信息，以及是否有双方当事人的签字或盖章确认。如果付款条形式完备，且双方当事人均认可其真实性，那么该付款条通常会被认定为有效。
实质要件：除了形式要件外，法院还会审查付款条的实质要件，即双方当事人是否真实意思表示，以及是否存在欺诈、胁迫等情形。如果实际施工人能够证明其在签署付款条时受到欺诈或胁迫，或者付款条的内容并非其真实意思表示，那么该付款条可能会被认定为无效或可撤销。
二、实际施工人的权益保护
主张权利：如果实际施工人未收到工程款且不认可付款条，其有权向法院提起诉讼，要求总包单位支付工程款。在诉讼过程中，实际施工人需要提供充分的证据证明其已完成工程任务且未收到相应款项，以及付款条存在无效或可撤销的情形。
证据收集：为了支持其主张，实际施工人应尽可能收集与工程任务完成情况、付款情况以及付款条签署过程相关的证据，如施工合同、工程验收单、付款记录、沟通记录等。这些证据将有助于法院更全面地了解案件事实，并作出公正的裁决。
三、总包单位的责任承担
支付责任：如果法院认定付款条无效或可撤销，且实际施工人已完成工程任务且未收到相应款项，那么总包单位将承担支付工程款的责任。总包单位应按照实际施工人完成的工程量及合同约定的价格支付工程款，并可能需承担逾期付款的利息或违约金等额外费用。
抗辩理由：当然，总包单位也有权提出抗辩理由，如实际施工人未按照合同约定完成工程任务、工程质量不符合要求等。如果总包单位能够提供充分的证据证明其抗辩理由成立，那么其支付工程款的责任可能会得到减轻或免除。
四、特殊情况下的处理
表见代理：如果实际施工人签署付款条的行为构成表见代理（即相对人有理由相信行为人有代理权），且总包单位未对此提出异议或追认，那么该付款条可能会对总包单位产生约束力。在这种情况下，实际施工人可能难以直接否认付款条的效力，但可以通过其他途径主张其权益。
诉讼时效：实际施工人在提起诉讼时，还需要注意诉讼时效的问题。如果实际施工人未在法定的诉讼时效期间内提起诉讼，那么其诉讼请求可能会被法院驳回。因此，实际施工人应及时行使自己的权利，避免错过诉讼时效。
建议：在实际操作中，如果实际施工人遇到类似情况，建议及时咨询专业律师（即向我咨询），以便更准确地了解自己的权益和义务，并采取合适的法律措施来维护自己的合法权益。同时，实际施工人也应加强与总包单位的沟通协商，尽量通过友好方式解决纠纷，以降低诉讼成本和风险。