合同甲方是机关，但盖章改成科室的章，该合同的效力需分情况讨论：
科室具有独立法人资格或得到机关明确授权
- 若科室本身具备独立法人资格，或者得到了机关的明确授权，能够代表机关对外签订合同，那么使用科室章签订的合同在法律上通常是有效的。这是因为科室在此情况下被视为有权代表机关进行民事活动的主体，其盖章行为具有法律效力。
科室不具有独立法人资格且未得到机关明确授权
- 若科室并不具备独立法人资格，且未得到机关的明确授权，那么使用科室章签订的合同可能因缺乏合法代表权而面临效力问题。在这种情况下，合同可能因主体不适格而被认定为无效或可撤销。因为科室作为机关的内部部门，通常不具备对外签订合同的权限，除非得到机关的特别授权。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效需要满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定以及不违背公序良俗等条件。在合同签订过程中，盖章是表示合同双方对合同内容认可并愿意受其约束的重要方式。因此，盖章的主体必须具备相应的民事行为能力和代表权。
- 建议：为了避免因盖章问题引发的合同纠纷，建议在签订合同时，务必确认盖章主体的合法性和代表权。如果合同甲方是机关，最好使用机关的公章或合同专用章进行签订。如果确实需要使用科室章，应确保科室具备独立法人资格或得到机关的明确授权，并在合同中明确注明相关情况。
可能的法律后果：
- 如果合同因盖章问题被认定为无效或可撤销，那么合同双方可能无法依据合同内容主张权利或履行义务。这可能导致一方或双方遭受经济损失，并需要承担相应的法律责任。因此，在签订合同时，务必谨慎对待盖章问题，确保合同的合法性和有效性。
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