结论：在仲裁公司赔付员工两倍工资的情况下，工资个税原则上应由员工个人承担，但具体支付方式可能因仲裁裁决或双方协商而有所不同。

分析说明：

1. 个税承担原则：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税是针对个人所得征收的税种，包括工资、薪金所得等。因此，从法律原则上讲，工资个税应由获得工资收入的个人，即员工承担。

2. 仲裁裁决的影响：

   • 在劳动仲裁中，如果裁决公司赔付员工两倍工资，这通常是对公司未按时支付工资或未签订劳动合同等违法行为的惩罚性赔偿。然而，这并不改变工资个税的承担原则。即，即使工资是作为赔偿支付的，其个税仍应由员工个人承担。
   • 但值得注意的是，仲裁裁决可能会明确赔偿的具体金额和支付方式，包括是否包含个税等。如果裁决中明确了个税的承担方，则应按照裁决执行。

3. 双方协商的可能性：

   • 在实际操作中，公司和员工也可能通过协商来确定个税的承担方式。例如，公司可能愿意承担部分或全部个税，以作为对员工的一种额外补偿或和解方式。但这种协商结果并不具有法律强制性，除非双方签订了书面协议并明确约定。

特殊场景：

• 如果仲裁裁决或双方协商中明确了个税由公司承担，那么公司就需要按照约定支付个税。但这种情况相对较少见，因为从法律原则上讲，个税应由个人承担。

行动建议：

• 对于员工而言，在收到仲裁裁决或和解协议后，应仔细阅读相关条款，明确赔偿金额是否包含个税以及个税的承担方。
• 如果对个税承担有疑问或争议，建议及时咨询专业律师或税务机关，以维护自己的合法权益。

法律后果：

• 如果员工未按照规定缴纳个税，可能会面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金和罚款等。
• 如果公司未按照仲裁裁决或双方协议支付个税（如果约定由公司承担），则可能面临员工进一步的法律诉讼或仲裁申请。

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