未签订劳动合同，仲裁赔付的二倍工资单位确实需要代扣代缴个人所得税。以下是对这一问题的详细分析：

一、二倍工资的性质与纳税义务

二倍工资是用人单位因未依法与劳动者签订书面劳动合同而需承担的赔偿责任。对于劳动者而言，这部分收入仍属于其劳动收入的一部分。根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条的规定，个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得，均属于个人所得税的征税范围。因此，二倍工资作为劳动者的收入，且性质上属于工资、薪金所得，应当纳入个人所得税的缴纳范围。

二、税务处理的具体方式

1. 代扣代缴义务：

   • 用人单位在支付二倍工资时，有义务代扣代缴个人所得税。这是根据税法规定，用人单位作为扣缴义务人的基本职责。

2. 计税方式：

   • 二倍工资中的一倍通常被视为正常劳动报酬，按工资、薪金所得项目计税。
   • 另一倍虽然具有惩罚性质，但根据税法规定，它仍然属于劳动者的收入，因此也需要缴纳个人所得税。在实际操作中，这部分收入通常会与当月正常工资合并，按照工资薪金所得计算缴纳个人所得税。

三、特殊情况与注意事项

1. 特殊情况：

   • 在某些特殊情况下，如果二倍工资的另一倍被明确认定为是带有惩罚性质的赔偿款，且不属于正常的劳动报酬范畴，那么在税务处理上可能存在一定争议。然而，从现行税法规定来看，并没有明确将此类惩罚性赔偿排除在应税所得之外。

2. 注意事项：

   • 劳动者在收到二倍工资时，应将其纳入个人所得税的计税范围，并依法进行申报和缴纳。如对税务处理有疑问，应及时咨询税务部门或向我咨询，以确保合规处理。
   • 用人单位在支付二倍工资时，应确保税务处理的合规性，避免因此产生的法律风险。如果用人单位未履行代扣代缴义务，可能会面临税务机关的处罚。

四、案例分析

以小明为例，小明在某公司工作，公司未与其签订劳动合同。后小明申请劳动仲裁，获得双倍工资差额6万元。这笔款项应与当月正常工资合并，按照工资薪金所得计算缴纳个人所得税。假设小明当月正常工资为1万元，那么他的总应纳税所得额就是7万元（1万元正常工资+6万元双倍工资差额），根据个人所得税税率表，他需要缴纳相应的个人所得税。

综上所述，未签订劳动合同仲裁赔付的二倍工资单位需要代扣代缴个人所得税。这是根据税法规定和二倍工资的性质所决定的。在实际操作中，劳动者和用人单位都应遵守税法规定，依法履行纳税义务，并确保税务处理的合规性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。