单位未及时签署劳动合同而支付职工的“二倍工资”是否需要扣缴个税，存在争议。具体分析如下：
一. “二倍工资”的性质决定其是否需要纳税
观点一：属于工资薪金所得，应纳税
- 根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条，工资、薪金所得包括个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。有观点认为，因“任职或者受雇”才需签劳动合同，未签则产生二倍工资，故该二倍工资属于与任职或者受雇有关的所得，应作为工资薪金所得纳税。
观点二：属于侵权赔偿款，不应纳税
- 另一种观点认为，未签劳动合同的二倍工资是侵权赔偿款，不是劳动者劳动获得的回报，与工资、薪金等劳动报酬具有本质上的不同。因此，它不属于工资薪金所得，而是惩罚性赔偿，不应缴纳个人所得税。广东省深圳市南山区人民法院和中级人民法院的相关执行裁定书也支持了这一观点。
二. 个人观点及建议
- 我个人倾向于认为“二倍工资”不应纳税，因为其本质上是侵权赔偿款，而非劳动所得。然而，税务机关在实际操作中可能存在扩大解释“与任职或者受雇有关的”内涵的情况。
- 我建议，如果纳税人对此有异议，可以通过司法救济的方式维护自身合法权益。这不仅是维护个人权益的过程，也是推动法治进步的过程。
综上所述，单位未及时签署劳动合同而支付职工的“二倍工资”是否需要扣缴个税，取决于该二倍工资在法律上被视为何种收益。在当前法律环境下，这一问题存在争议。因此，在具体操作中，建议纳税人根据自身情况，并咨询当地税务机关或专业律师，以做出合理决策。如有进一步需要，您可以继续咨询我。