仲裁之后的赔偿，公司是否会按照工资扣税，需分情况讨论：
赔偿性质决定税务处理：
- 工伤赔偿：根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，工伤赔偿（包括一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金等）通常属于免税范围，公司无需代扣代缴个人所得税。这是因为工伤赔偿是对员工因工作受伤或患职业病所遭受损失的补偿，不属于个人所得范畴。
- 经济补偿金：若赔偿属于经济补偿金（如因劳动合同解除或终止而支付的补偿），则需根据具体情况判断。一般来说，经济补偿金在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过部分则需按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。公司作为支付方，有义务代扣代缴相应的税款。
税务申报与缴纳流程：
- 免税赔偿：对于免税的工伤赔偿，公司无需进行税务申报和缴纳。但应保留好相关证明材料，以备税务机关查验。
- 应税赔偿：对于应税的经济补偿金，公司需在支付时按照税法规定计算应纳税额，并从赔偿金中扣除后支付给员工。同时，公司还需按照税务机关的要求进行税务申报和缴纳。
实际操作建议：
- 明确赔偿性质：在仲裁或诉讼过程中，应明确赔偿的性质和金额，以便后续税务处理。
- 咨询税务机关：对于不确定是否需要扣税的赔偿，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保税务处理的准确性和合规性。
- 保留证据：无论是免税还是应税的赔偿，都应保留好相关证明材料（如仲裁裁决书、赔偿协议等），以备后续税务查验或争议解决。
总结与提醒：仲裁之后的赔偿是否扣税，主要取决于赔偿的性质。工伤赔偿通常免税，而经济补偿金则可能需要根据具体情况判断是否扣税。公司作为支付方，有义务按照税法规定进行税务处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。