在涉及刑事案件中，当检察院决定不起诉时，退赃款的处理是一个重要环节。以下是对这一问题的详细解答：
一、退赃款的基本性质
退赃款是犯罪嫌疑人或被告人退还其违法所得的行为，这体现了其对自身行为的悔罪态度和对社会秩序的恢复意愿。在刑事诉讼中，退赃款通常被视为一个酌定从轻的情节，但并不能直接决定检察院是否会起诉。
二、检察院不起诉与退赃款的关系
法定不起诉与退赃款：
- 根据《刑事诉讼法》的相关规定，若犯罪嫌疑人存在情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；以及犯罪嫌疑人、被告人死亡的等情形，检察院应当作出不起诉决定。在这些情况下，退赃款虽然可能存在，但并不是决定不起诉的关键因素。
酌定不起诉（相对不起诉）与退赃款：
- 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的案件，检察院可以作出不起诉决定。在此情形下，退赃款是一个重要的考量因素。犯罪嫌疑人积极主动退赃，表明其有较好的悔罪表现，结合其他如犯罪手段温和、犯罪金额较小、危害后果不严重等因素，检察院有可能基于自由裁量权作出酌定不起诉的决定。退赃款的及时性、充分性，以及是否有自首、立功等其他从轻情节，也会进一步影响检察院的起诉决定。
证据不足不起诉与退赃款：
- 若案件经过检察院审查后认为证据不足，不符合起诉条件，需要补充侦查的，退赃款与是否不起诉并无直接关联。关键在于证据是否达到起诉标准。即使退赃，如果证据不足，检察院仍然可能作出不起诉的决定。
三、退赃款的具体处理
退还被害人：
- 在检察院决定不起诉后，如果退赃款属于被害人的合法财产，应当及时退还被害人。这有助于恢复被害人的经济损失，体现法律的公正和效率。
上缴国库：
- 如果退赃款无法确定被害人或者被害人无法领取，或者退赃款属于违法所得但无法直接退还被害人（如非法所得的资金、物品等），则应当上缴国库。这体现了国家对违法行为的制裁和对公共利益的维护。
记录与监督：
- 检察院在处理退赃款时，应当做好详细的记录和监督工作。确保退赃款的来源、金额、去向等清晰可查，防止出现贪污、挪用等违法行为。
四、综合建议
积极配合退赃工作：犯罪嫌疑人或被告人应当积极配合检察院的退赃工作，按照要求及时、足额地退还违法所得。这有助于体现其悔罪态度，争取从轻处理。
了解法律程序：犯罪嫌疑人或被告人应当了解相关的法律程序和规定，明确自己的权利和义务。在退赃过程中，如有疑问或需要帮助，可以及时咨询律师或相关法律机构。
做好法律追究准备：虽然退赃款是一个重要的酌定从轻情节，但并不能完全排除法律追究的可能性。犯罪嫌疑人或被告人应当做好可能面临法律追究的准备，积极应对后续的法律程序。
综上所述，检察院不起诉时退赃款的处理需要根据具体情况进行判断。犯罪嫌疑人或被告人应当积极配合退赃工作，了解法律程序，并做好可能面临法律追究的准备。