不构成犯罪但在检察院阶段缴纳的赃款，原则上应当依法返还。具体处理方式需结合款项性质、案件阶段及法律规定综合判断，以下是详细分析：

1. 款项性质认定是关键

• 若款项确属“赃款”但行为不构成犯罪：
  根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，检察院在侦查阶段若发现款项与犯罪无关（如属于合法财产或证据不足），应当及时返还。例如，行为人因误解被暂扣的合法收入，或款项实际为他人所有且无证据证明与犯罪有关。
• 若款项性质存疑：
  检察院可能暂扣款项以进一步调查，但最终确认不构成犯罪后，仍需返还。返还程序通常包括：检察院出具《解除扣押决定书》，通知当事人或利害关系人领取。

2. 返还程序与时间节点

• 侦查阶段：
  检察院在侦查终结前（如作出不起诉决定或移送审查起诉后发现不构成犯罪），应主动返还扣押款项。当事人也可主动申请返还，需提交身份证明、款项来源证明等材料。
• 审查起诉阶段：
  若案件进入审查起诉阶段后检察院认定不构成犯罪，会依法解除扣押并返还。返还方式通常为通知当事人到指定地点领取，或通过银行转账返还。

3. 特殊情形处理

• 款项已随案移送法院：
  若案件已移送法院但最终判决无罪，法院会依据《刑事诉讼法》第250条判决返还扣押款项。当事人可向法院申请执行返还。
• 款项涉及民事纠纷：
  若款项同时涉及民事争议（如债务纠纷），检察院可能要求当事人通过民事诉讼解决，暂不返还。但刑事程序中的扣押与民事纠纷应分离处理，原则上不影响返还义务。

4. 当事人权利救济

• 申请返还：
  当事人可向检察院提交《返还扣押财物申请书》，说明款项来源、性质及不构成犯罪的理由，要求返还。
• 申诉或复议：
  若检察院拒绝返还，当事人可向其上级检察院申诉，或依法提起国家赔偿申请（如扣押行为违法）。

5. 实务建议

• 保留证据：
  妥善保存款项来源证明（如银行流水、合同）、检察院扣押清单等材料，以便申请返还时使用。
• 及时沟通：
  主动与检察院承办人联系，了解案件进展及款项处理情况，避免因信息不畅导致延误。

总结：不构成犯罪时，检察院扣押的款项应当返还，但需通过法定程序主张权利。若遇到返还障碍，建议结合具体案情向我进一步咨询，我会根据证据和法律为你制定解决方案。