结论前置：旷工一天扣全年年终奖是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同或公司规章制度有明确规定：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了旷工一天将扣除全年年终奖，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照此规定扣除年终奖是合法的。这是因为劳动合同和公司规章制度是双方约定的行为准则，只要不违反法律，双方均应遵守。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。同时，公司规章制度作为劳动合同的补充，只要经过民主程序制定且不违反法律法规，同样具有法律效力。

2. 劳动合同或公司规章制度无明确规定：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定旷工一天将扣除全年年终奖，那么公司单方面扣除年终奖可能缺乏合法依据。在这种情况下，公司扣除年终奖的行为可能构成对劳动者权益的侵害，劳动者有权向劳动争议调解仲裁机构或人民法院提起申诉或诉讼。
   • 法律建议：劳动者在遇到此类情况时，应首先查阅自己的劳动合同和公司规章制度，确认是否有相关规定。如果没有相关规定，劳动者可以与公司进行协商，要求公司恢复年终奖的发放或给予合理的解释。如果协商无果，劳动者可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，也可以直接向人民法院提起诉讼。

3. 扣除年终奖的合理性考量：

   • 即使劳动合同或公司规章制度中有扣除年终奖的规定，公司也应考虑扣除的合理性。例如，旷工一天是否确实对公司的生产经营造成了重大影响，以及扣除全年年终奖是否过于严厉等。如果扣除年终奖的幅度过大或过于不合理，劳动者同样有权提出异议并寻求法律救济。
   • 案例参考：在实际操作中，法院或仲裁机构在审理此类案件时，会综合考虑劳动合同的约定、公司规章制度的内容、旷工的情节以及扣除年终奖的合理性等因素，来判定公司扣除年终奖的行为是否合法。

总结与建议：旷工一天扣全年年终奖是否合法，需根据劳动合同、公司规章制度以及具体情况来判断。劳动者在遇到此类情况时，应首先查阅相关合同和规章制度，了解自己的权益和义务。如果认为公司的扣除行为缺乏合法依据或过于不合理，可以与公司进行协商或寻求法律救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。