核心结论：在公司一把手被抓且法定代表人未进行工商变更的情况下，公司的民事行为处理需分情况讨论，主要取决于法定代表人是否仍具备代表公司行使民事权利、履行民事义务的能力和意愿。以下是具体分析：
法定代表人仍具备代表能力与意愿
- 民事行为效力：若法定代表人虽未进行工商变更，但实际仍能代表公司处理民事事务（如签署合同、参与诉讼等），且其行为符合公司利益及法律规定，则其代表公司实施的民事行为原则上有效。这是因为法定代表人的身份并非仅由工商登记决定，实际行使职权的情况也是重要判断依据。
- 例外情形：若法定代表人因被抓导致其代表行为受到限制（如被采取强制措施无法自由行动），但其仍通过合法方式（如委托授权）指示他人代表公司行事，且该授权行为合法有效，则受托人代表公司实施的民事行为也有效。
法定代表人不具备代表能力或意愿
- 内部决策机制启动：若法定代表人因被抓无法履行职责，且未委托他人代行职权，公司应依据章程或法律规定启动内部决策机制，如召开股东会或董事会，选举临时负责人或指定代理人代表公司处理民事事务。在此情况下，由临时负责人或代理人实施的民事行为对公司具有约束力。
- 民事行为效力瑕疵：若公司未及时启动内部决策机制，而由原法定代表人（已被抓）或无关人员擅自以公司名义实施民事行为，且该行为未经公司追认，则该行为对公司不发生效力，公司有权拒绝承担相应民事责任。但需注意，若第三人善意且无过失地相信行为人有权代表公司，则公司可能需承担表见代理的法律责任。
工商变更登记的影响
- 对抗效力：工商变更登记主要具有对抗第三人的效力。即使法定代表人未进行工商变更，只要其实际代表公司行使职权，其代表行为对公司仍有效。但未变更登记可能影响第三人对公司代表权的判断，增加交易风险。
- 及时变更建议：为降低交易风险，公司应尽快办理法定代表人变更登记手续，将实际代表公司行使职权的人员登记为法定代表人。这有助于明确公司代表权归属，减少因代表权争议引发的民事纠纷。
总结与建议：在公司一把手被抓且法定代表人未进行工商变更的情况下，公司应首先评估原法定代表人是否仍具备代表能力与意愿。若具备，则其代表行为原则上有效；若不具备，则应启动内部决策机制选举临时负责人或指定代理人。同时，公司应尽快办理法定代表人变更登记手续，以降低交易风险。如有具体法律问题或需要进一步帮助，请直接向我咨询。