结论前置：事业单位人事代理未通过人社部门审批时，能否发放同工同酬需分情况讨论，具体如下：

1. 若人事代理未通过审批属于程序瑕疵，但实际用工关系符合“同工同酬”实质条件
   根据《劳动合同法》第六十三条及《事业单位人事管理条例》相关规定，同工同酬的核心是“相同岗位、相同工作量、取得相同业绩”的劳动者应获得同等报酬，其本质是反对歧视性待遇，而非完全依赖审批程序。若单位虽未完成人事代理审批，但已与劳动者建立实际用工关系，且劳动者符合同工同酬的实质条件（如岗位、职责、绩效与在编人员一致），单位仍需依法支付同工同酬工资。此时审批程序瑕疵不影响劳动者主张权利，但单位可能因未履行审批义务面临行政合规风险（如被要求补办手续或整改）。

2. 若人事代理未通过审批导致用工关系不合法（如未签订合同、未纳入编制管理）
   若单位因未通过审批而未与劳动者签订书面合同，或未将其纳入事业单位编制管理，则用工关系可能被认定为事实劳动关系或非标准劳动关系。此时劳动者虽仍可主张劳动报酬，但“同工同酬”的适用范围可能受限：

   • 若劳动者岗位与在编人员完全可比（如岗位名称、职责、工作量、业绩均相同），可依据《劳动合同法》要求单位参照在编人员标准支付工资；
     
   • 若岗位存在差异（如临时性、辅助性岗位），则可能按实际约定或单位同类岗位标准支付，此时“同工同酬”的主张可能难以完全支持。
     此外，单位未通过审批可能涉及违规用工，劳动者可向人社部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位补发工资差额或承担违法用工责任。

3. 特殊情形：地方性政策或单位内部规定对同工同酬的细化要求
   部分地区或单位可能通过规范性文件对“同工同酬”的适用条件、审批流程作出细化规定（如要求人事代理审批作为发放同工同酬的前提）。若此类规定不违反上位法（如《劳动合同法》《事业单位人事管理条例》），则可能对单位具有约束力。此时需结合具体政策判断：

   • 若政策明确“未通过审批不得发放同工同酬”，则单位可能需先补办审批；
     
   • 若政策未作此限制，则单位仍应按实质条件支付。
     

建议：若您所在单位未通过人事代理审批，但您认为符合同工同酬条件，可先与单位协商要求补发工资差额；若协商无果，可收集岗位对比证据（如职责说明、工作量记录、业绩考核结果等）向当地劳动仲裁机构申请仲裁。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。