仲裁员在同所律师与申请人存在个案合作的情况下，应当回避。以下是对此问题的详细分析：
法律依据与原则
在仲裁程序中，仲裁员必须保持独立性和公正性，这是仲裁制度的基本原则。根据《中华人民共和国仲裁法》及相关仲裁规则，仲裁员与案件当事人、代理人或其他相关人员存在可能影响公正裁决的关系时，应当回避。这种关系包括但不限于亲属关系、经济利益关系、业务合作关系等。
具体情境分析
同所律师与申请人的个案合作：
- 如果仲裁员与同所的律师在某个具体案件中存在合作关系，且该律师是申请人的代理人或与申请人有直接利益关系，那么仲裁员与申请人之间就形成了一种间接的利益关联。
- 这种关联可能引发对仲裁员公正性的质疑，因为仲裁员可能会在裁决时受到与同所律师合作经历的影响，从而损害另一方的利益。
回避的必要性：
- 为了维护仲裁的公正性和公信力，避免任何可能的利益冲突和偏见，仲裁员在这种情况下应当主动回避。
- 回避不仅是对仲裁员自身职业道德的要求，也是对当事人权益的保障。它有助于确保仲裁裁决的公正性和可接受性。
实际操作中的考虑：
- 在实际操作中，仲裁机构通常会有严格的回避制度，要求仲裁员在发现自己与案件存在可能影响公正裁决的关系时，及时主动申报并回避。
- 如果仲裁员未主动回避，当事人也有权提出回避申请，由仲裁机构决定是否应当回避。
可能的法律后果
- 如果仲裁员未回避而参与了裁决，且该裁决被认定为存在不公正因素，那么该裁决可能会被撤销或不予执行。
- 仲裁员还可能面临职业道德上的谴责或纪律处分，甚至可能承担法律责任。
建议与措施
- 仲裁员方面：应严格遵守仲裁规则和职业道德，主动申报与案件可能存在的利益关系，并在必要时回避。
- 当事人方面：如果发现仲裁员与案件存在可能影响公正裁决的关系，应及时提出回避申请，以维护自身权益。
- 仲裁机构方面：应建立健全的回避制度，加强对仲裁员的监督和管理，确保仲裁程序的公正性和公信力。
综上所述，仲裁员在同所律师与申请人存在个案合作的情况下，应当回避，以维护仲裁的公正性和公信力。如果您在劳动仲裁或合同纠纷方面有任何法律问题，可以直接向我咨询。