政府采购综合评分采用负偏离扣分制是合法的。以下从多个角度对此进行详细分析：
一、法律依据与合规性
在政府采购活动中，评分方法的设计需遵循公平、公正、科学、合理的原则，以确保采购结果的客观性和准确性。负偏离扣分制作为一种评分方法，其核心在于对投标文件与招标文件要求的偏离程度进行量化评估，并根据偏离程度进行扣分。这种方法在政府采购领域是被广泛接受的，且符合相关法律法规的精神。
具体来说，虽然直接的法律法规可能并未明确提及“负偏离扣分制”，但政府采购的相关法律法规，如《中华人民共和国政府采购法》及其实施条例，强调了采购活动的公平、公正和透明原则，以及采购文件应当明确评标方法、评标标准和废标条款等。负偏离扣分制作为一种评标方法，只要其设计合理、透明，且能够客观反映投标文件的优劣，就符合这些原则和精神。
二、负偏离扣分制的合理性
量化评估：负偏离扣分制通过量化评估投标文件与招标文件要求的偏离程度，使得评标过程更加客观、准确。这有助于避免主观臆断和人为干扰，提高评标的公正性和透明度。
激励投标人：负偏离扣分制可以激励投标人更加认真地研究招标文件，确保投标文件完全符合招标要求。这有助于提升投标文件的质量，进而提高政府采购的整体效益。
灵活性与适应性：负偏离扣分制可以根据不同的采购项目和需求进行灵活调整。例如，可以根据采购项目的特点设置不同的扣分标准，以适应不同项目的评标需求。
三、实施负偏离扣分制的注意事项
明确扣分标准：在招标文件中应明确负偏离扣分的具体标准，包括哪些情况构成负偏离、扣分的幅度等。这有助于投标人准确理解招标要求，避免因理解歧义而导致的投标失误。
确保公平公正：在评标过程中，应确保所有投标文件都按照相同的扣分标准进行评估。评标委员会应客观、公正地履行职责，避免主观臆断和人为干扰。
透明公开：评标结果和扣分情况应及时向所有投标人公开，以接受监督。这有助于增强评标的透明度和公信力，维护政府采购活动的良好形象。
四、可能的法律后果与风险防范
如果负偏离扣分制设计不合理或实施不当，可能会引发一些法律后果，如投标人投诉、质疑或提起诉讼等。为了避免这些风险，采购人应在设计负偏离扣分制时充分考虑其合理性和合法性，并在实施过程中严格遵守相关法律法规和评标标准。
总结来说，政府采购综合评分采用负偏离扣分制是合法的，且具有一定的合理性和优势。然而，为了确保其合法性和有效性，采购人应在设计负偏离扣分制时充分考虑其合理性和合法性，并在实施过程中严格遵守相关法律法规和评标标准。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。