政府采购扣分总值超过分值总和是不合法的。以下是具体的分析：
在政府采购活动中，评分是判断供应商是否符合采购要求、能否中标的重要依据。评分通常依据预设的评分标准和细则进行，这些标准和细则应当在采购文件或招标文件中明确列出，并且应当具有合理性和公正性。
法律原则：根据政府采购的相关法律法规，评分应当遵循公平、公正、公开的原则，确保所有供应商在平等的条件下参与竞争。如果扣分总值超过了分值总和，显然违背了这一原则，因为这意味着对供应商的评分出现了不合理的偏差。
评分标准：评分标准和细则应当明确、具体，并且不得存在歧义。扣分总值超过分值总和，很可能是评分标准设置不当或执行过程中出现了错误。这种情况下，评分结果将无法准确反映供应商的真实能力和水平，也无法保证采购活动的公正性和有效性。
法律后果：如果政府采购活动中出现了扣分总值超过分值总和的情况，可能会导致采购结果的不公正和不合理。供应商可能会对此提出质疑或投诉，要求重新评分或取消采购结果。在极端情况下，这种违规行为甚至可能引发法律纠纷和行政诉讼。
因此，政府采购扣分总值超过分值总和是不合法的，它违背了政府采购的法律原则和评分标准的要求。在实际操作中，应当严格按照预设的评分标准和细则进行评分，确保评分的公正性和准确性。如果发现有任何违规行为或错误，应当及时纠正并采取相应的补救措施。