结论：超市门店因生意不好与员工签订停薪留职协议，对员工确实会产生多方面的影响，这些影响既可能涉及经济利益，也可能涉及劳动关系状态及未来权益。以下是对此问题的详细分析：
一、经济利益影响
收入减少：停薪留职协议最直接的影响是员工在停薪期间将失去工资收入。这对于依赖工资维持生计的员工来说，无疑是一个重大的经济负担。如果停薪留职期间较长，员工可能面临生活困难，甚至需要寻找其他临时工作来补贴家用。
社保缴纳问题：停薪留职期间，员工与超市的劳动关系仍然存在，但超市是否继续为员工缴纳社会保险（如养老保险、医疗保险等）则取决于双方协议的具体内容。如果超市停止缴纳社保，员工将失去相应的社会保障，一旦发生医疗、养老等问题，将可能面临更大的经济压力。
二、劳动关系状态影响
劳动关系存续：停薪留职并不意味着劳动关系的终止。在停薪留职期间，员工仍然是超市的员工，双方仍然受劳动法律法规的约束。这意味着，如果超市在停薪留职期间违反劳动法律法规（如未按时支付工资、未缴纳社保等），员工仍然有权依法维权。
复职与解雇风险：停薪留职协议通常会对员工的复职条件和时间做出规定。如果超市在停薪留职期满后拒绝员工复职，或者以其他理由解雇员工，员工可能面临失业的风险。此时，员工可以依据劳动法律法规，要求超市支付经济补偿金或赔偿金。
三、未来权益影响
工龄计算：停薪留职期间，员工的工龄是否连续计算也是一个重要问题。如果工龄不连续计算，将可能影响员工未来的退休金、年假等福利待遇。因此，在签订停薪留职协议时，员工应明确询问并争取工龄的连续计算。
再就业限制：虽然停薪留职期间员工可以寻找其他工作，但一些用人单位在招聘时可能会对有停薪留职经历的员工持谨慎态度。这可能对员工的再就业造成一定的限制和影响。
四、法律建议
谨慎签订协议：员工在签订停薪留职协议前，应仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务。特别是关于工资支付、社保缴纳、复职条件和时间等方面的条款，应明确无误并符合自己的利益。
保留证据：在停薪留职期间，员工应保留好与超市的沟通记录、协议文本等证据。一旦发生纠纷，这些证据将有助于员工维护自己的合法权益。
及时咨询律师：如果员工对停薪留职协议的内容或执行过程中有任何疑问或不满，应及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况为员工提供法律建议和帮助，确保员工的权益得到充分保障。
总结来说，超市门店因生意不好与员工签订停薪留职协议，对员工会产生多方面的影响。员工在签订协议前应谨慎考虑并咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。