结论：公司因员工请事假5天而克扣当月全部员工绩效的做法，一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：
一、从劳动合同和公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定劳动报酬、工作时间、休息休假等事项。如果劳动合同中明确规定了员工请事假期间的绩效处理方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司应当按照劳动合同的约定执行。但在此情况下，若劳动合同并未规定请事假需克扣全部绩效，公司则无权单方面做出此决定。
公司规章制度：
- 公司规章制度是公司内部管理的重要依据，但必须符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示。如果公司规章制度中规定了员工请事假需克扣绩效，但该规定与法律法规相抵触，或者未经民主程序制定、未公示，那么该规定对员工不具有约束力。
- 即便公司规章制度合法有效，且规定了请事假需克扣绩效，也应当合理确定克扣的比例和范围。克扣当月全部绩效显然超出了合理范围，可能构成对员工权益的侵害。
二、从法律法规的角度
劳动法保护：
- 根据《劳动法》的相关规定，劳动者享有休息休假的权利。员工请事假是行使休息休假权利的一种表现，公司应当予以尊重。公司不得因员工请事假而采取不合理的惩罚措施，如克扣全部绩效等。
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，公司应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。绩效作为劳动报酬的一部分，公司不得随意克扣。除非员工存在严重违反公司规章制度或法律法规的行为，且公司规章制度中明确规定了相应的惩罚措施。
三、从实际操作和合理性的角度
合理性考量：
- 员工请事假5天，并不意味着其当月的工作表现全部不合格或未达到绩效标准。公司应当根据员工实际的工作表现和贡献来评定绩效，而不是简单地因请事假而全盘否定。
替代措施：
- 如果公司认为员工请事假对工作造成了一定影响，可以采取其他合理的措施来弥补或调整，如安排其他员工分担工作、调整工作计划等，而不是直接克扣全部绩效。
建议：如果公司因员工请事假5天而克扣当月全部绩效，员工可以首先与公司进行沟通协商，要求公司说明克扣绩效的依据和合理性。如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
后续思考：公司在制定规章制度时，应当充分考虑员工的合法权益和合理性原则，避免制定过于苛刻或不合理的规定。同时，员工也应当了解自己的权益和义务，积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。