工厂辞退员工时，一般情况下不会扣工资，但特定情况下可能会扣除部分工资或要求员工支付赔偿金，同时工厂还需根据情况支付经济补偿金或赔偿金。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况下不扣工资

根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，在正常情况下，工厂在辞退员工时是不能扣除工资的。例如，工厂因经营战略调整进行裁员，对于被裁员工，工厂需按照其实际工作天数和既定的工资标准，全额支付工资至离职之日。

二、特殊情况下可扣除部分工资

1. 赔偿损失：如果员工因个人原因给工厂造成了经济损失，根据《工资支付暂行规定》第十六条，工厂可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但扣除限制为每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。如果低于这个标准，则应按最低工资标准支付。例如，员工因严重失职导致工厂原材料采购出现重大失误，给工厂造成了直接经济损失，工厂可以依据劳动合同的约定要求员工赔偿损失，并按规定比例从其工资中扣除相应金额。

2. 违约金：如员工违反了培训服务期协议或竞业限制协议，工厂可依据协议约定要求员工支付违约金，数额需合理且符合法律规定。

三、工厂需支付经济补偿金或赔偿金的情况

1. 经济补偿金：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，当工厂因法定情形（如劳动合同到期不续签、工厂经济性裁员等）辞退员工时，需按照员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿金。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

2. 赔偿金：如果工厂辞退员工的行为是违法的，如无正当理由辞退员工或违反法定程序等，那么工厂不仅不能扣除员工的工资，还需要按照法律规定向员工支付赔偿金。赔偿金的标准通常为经济补偿标准的二倍。

四、工厂可以合法辞退员工的情形

根据《劳动合同法》的相关规定，工厂可以在以下情形下合法辞退员工：

1. 员工在试用期间被证明不符合录用条件；
2. 员工严重违反用人单位的规章制度；
3. 员工严重失职、营私舞弊给用人单位造成重大损害；
4. 员工同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响且拒不改正；
5. 员工被依法追究刑事责任等。

五、建议与权益保护

1. 确保工资正常结算：劳动者在被辞退时，应确保自己的工资得到正常结算，并关注是否有权获得经济补偿金。
2. 了解赔偿与扣款情况：对于可能涉及的赔偿或扣款，劳动者应了解具体情况，确保工厂行为符合法律规定。
3. 维护合法权益：若工厂在辞退过程中存在违法行为，如无故扣减工资或拒绝支付经济补偿金，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，工厂在辞退员工时，应遵循法律规定，确保工资正常支付，并在必要时支付经济补偿金或赔偿金。同时，劳动者也应了解自己的权益，确保在辞退过程中不受不当待遇。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。