结论：一栋房屋上存在违建时，合法有房产证部分能否办理过户需分情况讨论，若违建部分与合法部分物理隔离且不影响合法部分独立使用，通常可以办理过户；若违建部分与合法部分物理相连且影响合法部分结构安全或使用功能，则可能无法办理过户。以下为具体分析：

1. 违建部分与合法部分物理隔离且不影响合法部分独立使用

   • 物理隔离：指违建部分与合法部分在空间上完全分离，如合法部分为独立住宅，违建部分为在住宅旁搭建的简易棚屋，两者之间无直接连接或共用结构。
   • 不影响独立使用：指合法部分具备完整的居住或使用功能，无需依赖违建部分即可正常使用，如合法部分有独立的出入口、水电设施等。
   • 过户可能性：在此情况下，由于违建部分与合法部分无直接关联，且合法部分本身符合过户条件（如有房产证、无抵押、无查封等），因此通常可以办理过户。但需注意，过户时需向相关部门如实申报房屋现状，包括违建部分的存在，以免因隐瞒事实导致过户无效或承担法律责任。

2. 违建部分与合法部分物理相连且影响合法部分结构安全或使用功能

   • 物理相连：指违建部分与合法部分在空间上相互连接，如违建部分为在合法住宅上加建的楼层或阳台，两者之间有直接的结构连接。
   • 影响结构安全或使用功能：指违建部分的存在对合法部分的结构安全造成威胁，或影响合法部分的正常使用功能，如加建楼层导致合法楼层承重增加、采光受阻等。
   • 过户可能性：在此情况下，由于违建部分与合法部分紧密相连，且可能对合法部分的结构安全或使用功能造成影响，因此过户时可能面临障碍。相关部门在审核过户申请时，可能会要求申请人先拆除违建部分或提供结构安全证明等文件，以确保过户后的房屋符合安全和使用标准。若申请人无法满足这些要求，则可能无法办理过户。