存在违建的房屋合法部分一般也是不能办理房产证的。以下是对此问题的详细分析：

法律解释

根据相关法律条文，若登记申请包含以下任一情况，不动产登记机构将拒绝办理，并同时向申请人发出书面公告以充分表明理由：

1. 相关行为与法律、行政法规相抵触；
2. 存在尚未得到妥善处理的权属争议；
3. 申请登记的不动产权利超过法定时限。

由于违法建筑在法律层面上是不被允许进行不动产权证办理的，因此，即使房屋有部分合法，但只要存在违建部分，整个房屋的产权登记都可能受到影响。

实际情况分析

在实际情况中，如果房屋存在违建部分，相关部门在办理房产证时会对整个房屋进行审查。一旦发现违建，不仅会停止办理房产证，还可能对违建部分进行处罚，甚至要求拆除。因此，即使房屋有部分合法，也不能保证能够顺利办理房产证。

建议

如果您面临这样的情况，建议首先咨询当地的不动产登记机构或相关部门，了解具体的政策和办理流程。同时，也可以考虑咨询专业的律师或法律机构，寻求更具体的法律建议和帮助。

总之，存在违建的房屋合法部分一般也是不能办理房产证的。为了避免不必要的麻烦和损失，建议在进行房屋建设或改造时严格遵守相关法律法规和规划要求，确保房屋的合法性和合规性。