已办理的房产证，在建房手续不合法的情况下，是有可能被作废的，但并非绝对，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 房产证作废的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关房地产管理法规，房产证的颁发是基于合法的建房手续和土地使用权。如果建房手续不合法，比如未取得建设工程规划许可证、未按照规划许可进行建设等，那么该房产可能被视为违法建筑。
   • 对于违法建筑，相关部门有权依法进行查处，包括责令拆除、罚款等。在极端情况下，如果违法建筑被拆除或确认无法合法化，那么基于该违法建筑颁发的房产证也可能被作废或撤销。

2. 房产证作废的具体情形：

   • 建房手续严重违法：如果建房过程中存在严重的违法行为，如未经批准擅自占用土地、违反城乡规划进行建设等，且这些违法行为无法通过补办手续或罚款等方式进行纠正，那么房产证很可能被作废。
   • 房产证颁发程序违法：如果房产证的颁发过程中存在违法行为，如工作人员滥用职权、徇私舞弊等，导致房产证被错误颁发，那么该房产证也可能被依法撤销。
   • 其他法定情形：根据相关法律法规的规定，还可能存在其他导致房产证作废的情形，如房屋所有权争议、房屋灭失等。

3. 房产证作废的程序与后果：

   • 程序：房产证作废通常需要经过相关部门的调查、取证、听证等程序，确保作废决定的合法性和合理性。在作出作废决定前，相关部门会通知房产证持有人，并听取其陈述和申辩。
   • 后果：房产证作废后，房屋的所有权将受到影响。如果房屋被认定为违法建筑并被拆除，那么房产证持有人将失去房屋的所有权和使用权。如果房屋虽然存在但房产证被作废，那么房产证持有人可能需要通过法律途径重新确认房屋的所有权。

4. 建议与措施：

   • 核实建房手续：如果您发现自己的建房手续不合法，建议尽快核实相关情况，并咨询当地规划、建设等部门，了解是否可以通过补办手续或罚款等方式进行纠正。
   • 保护自身权益：如果房产证面临作废的风险，建议您及时咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律后果，并采取相应的法律措施进行保护。
   • 遵守法律法规：为了避免类似问题的发生，建议您在未来的建房过程中严格遵守相关法律法规和规划要求，确保建房手续的合法性和合规性。

总结来说，建房手续不合法确实可能导致已办理的房产证被作废，但具体是否作废还需根据违法行为的性质、程度以及相关法律法规的规定来判断。如果您面临此类问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。