对于不动产历史遗留问题已办理不动产证后，能否对违法部分进行处罚以及程序是否违法的问题，结论如下：
能否对违法部分进行处罚：
- 可以处罚：即使不动产已经办理了不动产证，如果发现该不动产在建设、规划、使用等过程中存在违法行为，相关部门仍然有权对违法部分进行处罚。这是因为不动产证的办理并不意味着对违法行为的认可或豁免，行政机关对违法行为的查处是独立的行政行为，不受不动产证办理情况的影响。
- 处罚依据：处罚将依据相关法律法规进行，如《城乡规划法》、《建筑法》等，这些法律对违法建设、使用等行为有明确的处罚规定。
程序是否违法：
- 程序合法性：在已办理不动产证的情况下对违法部分进行处罚，程序本身并不违法。行政机关在查处违法行为时，应遵循法定程序，包括立案、调查取证、告知权利、作出处罚决定等步骤。只要这些程序得到严格遵守，处罚就是合法的。
- 程序瑕疵与违法：如果行政机关在处罚过程中存在程序瑕疵，如未依法告知当事人权利、未听取当事人陈述申辩等，则可能构成程序违法。但这种情况与不动产证是否已办理无直接关系，而是取决于行政机关是否依法履行了程序义务。
进一步分析与建议：
- 对于不动产所有者：如果您的不动产存在历史遗留问题且已办理不动产证，但发现存在违法行为，建议您主动配合相关部门的调查与处理，以避免可能的法律后果。同时，您也可以咨询专业律师，了解您的权利与义务，以及可能的法律风险。
- 对于行政机关：在查处不动产违法行为时，应确保程序的合法性与公正性，充分保障当事人的合法权益。如果发现程序存在瑕疵或违法，应及时纠正，以避免引发行政争议或诉讼。
可能涉及的法律后果：
- 如果不动产所有者不配合相关部门的调查与处理，可能会面临更严厉的处罚，包括但不限于罚款、拆除违法建筑等。
- 如果行政机关在处罚过程中存在程序违法，可能会引发行政复议或行政诉讼，导致处罚决定被撤销或变更。
总结与建议：
- 不动产历史遗留问题已办理不动产证后，如果发现存在违法行为，相关部门仍然有权对违法部分进行处罚。
- 处罚程序应严格遵守法律法规，确保程序的合法性与公正性。
- 如果您作为不动产所有者面临此类问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
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