申请启动历史遗留问题处理程序来办理产权证书，这一做法在符合法定条件和程序的前提下，是合法有效的。以下从多个角度为你详细分析：

历史遗留问题处理程序的合法性基础

历史遗留问题处理程序通常是为了解决因历史原因造成的产权不明晰、登记手续不全等问题而设立的。这类程序往往由地方政府或相关部门根据当地实际情况制定，并依据相关法律法规进行规范。因此，只要该程序是依法设立，且申请人在申请过程中遵循了法定条件和程序，那么通过该程序办理产权证书就是合法有效的。

申请启动该程序的条件

1. 产权存在历史遗留问题：这是申请启动该程序的前提条件。例如，房屋因历史原因未办理产权登记、产权归属存在争议等。
2. 符合当地政策规定：不同地区对于历史遗留问题处理程序的具体规定可能有所不同。申请人需要了解并符合当地的相关政策规定，如提交必要的申请材料、满足特定的条件等。
3. 遵循法定程序：申请启动该程序需要遵循一定的法定程序，如向相关部门提交申请、接受调查核实、参与听证等。申请人需要按照程序要求逐步进行，确保申请的合法性和有效性。

申请启动该程序后的法律后果

1. 产权证书的办理：如果申请成功，相关部门将依法为申请人办理产权证书，确认其产权归属。这将为申请人提供法律上的保障，使其能够合法地行使产权权利。
2. 法律责任的承担：如果申请人在申请过程中存在虚假陈述、提供虚假材料等违法行为，将承担相应的法律责任。这包括但不限于行政处罚、民事赔偿等。

实际操作中的建议

1. 了解当地政策：在申请启动历史遗留问题处理程序前，建议先了解当地的相关政策规定和具体操作流程。这可以通过咨询当地相关部门、查阅政策文件等方式进行。
2. 准备必要材料：根据当地政策要求，准备必要的申请材料。这些材料可能包括身份证明、房屋来源证明、相关税费缴纳证明等。确保材料的真实性和完整性，以免影响申请的顺利进行。
3. 遵循法定程序：在申请过程中，务必遵循法定程序和要求。如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保申请的合法性和有效性。

如果你在申请过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。作为专业律师，我将为你提供全面、准确的法律咨询和解决方案。