核心结论：员工违法时领导离任审计的处理需分情况讨论，主要取决于员工违法行为与领导职责的关联性、领导是否尽到管理职责等因素。以下是具体分析：

1. 若员工违法行为与领导职责无直接关联，且领导已尽到合理管理职责
   在此情况下，领导的离任审计通常不会因员工违法行为而受到直接影响。离任审计的核心是审查领导在职期间的经济责任、管理效能及合规性等，若领导已按公司制度履行管理义务（如制定合规流程、定期监督等），且无证据表明其存在失职或纵容行为，则员工违法行为不构成领导离任审计的负面因素。
   建议：领导可提前整理任职期间的管理记录（如制度文件、培训记录、监督报告等），以证明自身履职情况；若审计中涉及员工违法问题，可配合说明已采取的管控措施。

2. 若员工违法行为与领导职责存在关联，或领导未尽到管理职责
   若领导存在以下情形，可能影响离任审计结果：

   • 未履行管理义务：如未制定合规制度、未对员工进行必要培训或监督，导致员工违法风险增加；
     
   • 直接参与或纵容违法行为：如领导指示员工实施违法操作，或明知违法却未制止；
     
   • 未及时报告或处理违法行为：如发现员工违法后未向上级或监管部门报告，或未采取补救措施。
     在此情况下，领导可能需承担管理责任，离任审计中可能被认定存在“失职”或“合规风险”，甚至面临内部追责或外部监管处罚。
     建议：领导需主动说明情况（如已采取的补救措施、未履职的原因等），并提供相关证据（如邮件、会议记录等）以减轻责任；若涉及重大违法，建议提前咨询法律专业人士评估风险。

3. 离任审计的合规性要求
   无论员工是否违法，离任审计均需遵循法定程序和公司制度，包括：

   • 审计范围：明确审计期间、审计内容（如财务、业务、合规等）；
     
   • 证据收集：审计方需通过合法手段获取证据，领导有权要求审计方出示依据；
     
   • 异议处理：若领导对审计结论有异议，可要求复核或提供反驳证据，必要时可通过法律途径解决。
     建议：领导在审计过程中应保持配合，但若发现审计程序违法或结论不实，可依法维护自身权益。

总结：员工违法行为对领导离任审计的影响需结合具体情形判断，关键在于领导是否尽到管理职责。若您面临此类问题，可进一步向我说明具体情况（如员工违法类型、领导职责范围等），我将为您提供更针对性的法律分析。