在离任审计过程中，如果发现员工存在旷工情况，处理方式需要依据具体的考勤管理制度以及相关法律法规来进行。以下是一个详细且深入的处理流程和建议：

一、核实旷工事实

首先，审计团队需要与人力资源部门或考勤管理部门紧密合作，仔细核查员工的出勤记录，包括签到表、请假条、外出报备记录等，以确认旷工的具体天数和时间段。这一步骤至关重要，因为准确的数据是后续处理的基础。

二、对照考勤制度

接下来，将核实后的旷工情况与单位的考勤管理制度进行比对。例如，根据怀远县审计局的请销假及考勤制度，未履行请假手续或请假未获批准擅自离岗，以及请假结束未按时到岗的，均视为旷工。同时，该制度也明确了旷工的具体处理办法，如旷工1天扣发3天奖金补贴，旷工3天以上扣发一个月奖金补贴并给予通报批评，连续旷工15天以上或年累计旷工30天以上的，将按照相关法律法规报人事部门批准后予以辞退。

三、考虑特殊情况

在处理旷工问题时，也需要考虑员工是否存在特殊情况，如突发疾病、家庭紧急事务等，这些情况可能影响员工的出勤。如果员工能提供合理的解释和相应的证明材料，单位在处理时应予以适当考虑，体现人性化管理。然而，如果员工无法提供合理解释或证明材料，且旷工行为严重违反了单位规定，那么应严格按照制度进行处理。

四、依法依规处理

根据核实后的旷工情况和单位考勤制度，以及相关法律法规（如《中华人民共和国公务员法》、《事业单位人事管理条例》等），对旷工员工进行相应的处理。处理方式可能包括扣发奖金补贴、通报批评、警告、记过、降级、撤职甚至辞退等。在处理过程中，应确保程序合法、公正、透明，避免出现不当处理或滥用职权的情况。

五、加强后续管理

处理完旷工问题后，单位还应加强后续管理，防止类似问题再次发生。这包括完善考勤管理制度、加强员工纪律教育、建立有效的监督机制等。同时，对于经常出现旷工或迟到早退的员工，单位应进行个别谈话或辅导，帮助他们认识到问题的严重性并改正错误。

六、案例参考

以江苏省淮安市洪泽区市场监督管理局的案例为例，该单位员工谢某因以“招商”之名行旷工之实，最终受到了严肃处理。这一案例表明，单位在处理旷工问题时必须坚持原则、严格执法，同时也要加强日常管理和监督，确保员工遵守工作纪律和规定。

综上所述，离任审计中查到旷工问题需要依据具体制度和法律法规进行严肃处理，同时也要考虑特殊情况并体现人性化管理。通过加强后续管理和监督，可以有效防止类似问题再次发生，维护单位的正常工作秩序和良好形象。