核心结论：未办理施工许可证且项目负责人离职的情况下，需分情况处理，主要涉及行政责任与民事责任两方面，具体如下：
行政责任层面
- 项目单位责任：根据《建筑工程施工许可管理办法》第十二条，未取得施工许可证擅自施工的，由住建部门责令停止施工，限期改正，对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下罚款；对施工单位处3万元以下罚款。即使项目负责人离职，项目单位仍需承担行政处罚，且处罚对象为法人主体（建设单位/施工单位），与个人离职无关。
- 原项目负责人责任：若原负责人在职期间存在故意隐瞒、伪造材料等主观过错，可能被住建部门认定为“直接负责的主管人员”，面临警告、罚款（单位罚款数额5%-10%）等行政处罚。但若离职时已交接完毕且无过错，一般不追溯个人责任。
民事责任层面
- 合同履行风险：若因未办证导致工程被叫停，建设单位可能面临对施工单位的违约赔偿（如工期延误损失、窝工费等），或对下游材料供应商、分包商的合同违约责任。原负责人离职不影响合同相对方主张权利，但若原负责人存在重大过失（如明知未办证仍签署合同），可能被追究内部管理责任（如赔偿单位损失）。
- 劳动争议处理：原负责人离职时，若与单位存在未结清的工资、奖金、离职补偿等争议，可依据《劳动合同法》通过劳动仲裁解决。但离职本身不免除单位因未办证产生的行政或民事责任。
建议行动：
- 对项目单位：立即停止施工，补办施工许可证；梳理合同条款，评估违约风险；与原负责人确认离职交接内容，留存书面记录。
- 对原项目负责人：若已离职且无过错，可要求单位出具离职证明，明确责任划分；若被追责，收集在职期间无过错的证据（如审批流程记录、上级指示等）自证清白。
如有进一步细节（如未办证原因、离职交接情况等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供更精准的分析。