针对您提出的问题“公司单方面违法解除员工，在劳动争议仲裁期间是否需要配合清缴社保”，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确一点，当劳动合同被认定为违法解除时，劳动者有两种选择：一是要求继续履行合同，二是选择不要求继续履行合同而请求支付赔偿金。这两种选择将直接影响社会保险的处理方式。

1. 如果劳动者不要求继续履行合同：

   • 在这种情况下，双方的劳动关系自违法解除之日起即告终止。
   • 由于劳动关系已经终止，因此不存在补缴社会保险金的问题。也就是说，公司无需再为这位已经解除劳动关系的员工缴纳社会保险。

2. 如果劳动者要求继续履行合同：

   • 在这种情况下，尽管存在劳动争议，但劳动关系在法律上仍然存续。
   • 根据《社会保险法》的规定，用人单位需要为劳动者缴纳社会保险。因此，自违法解除之日起至恢复履行劳动合同期间，用人单位应当为劳动者补缴社会保险金。
   • 需要注意的是，劳动者也需要承担个人应该缴纳部分的社会保险金。这部分费用通常会在工资中扣除。

综上所述，公司在劳动争议仲裁期间是否需要配合清缴社保，取决于劳动者的选择。如果劳动者选择不要求继续履行合同，则无需补缴；如果劳动者选择要求继续履行合同，则公司需要按照法律规定为劳动者补缴社会保险金。

希望这个解答能够清晰地回答您的问题，并为您提供足够的法律依据和参考。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。