核心结论：虚开发票案件法院因证据不足退回公安后，公安机关通常会采取补充侦查、变更强制措施或撤销案件等处理方式，具体需结合案件实际情况判断。以下分情况详细说明：

1. 公安机关补充侦查

根据《刑事诉讼法》第175条，法院退回补充侦查的案件，公安机关需在1个月内完成补充侦查，最多可补充两次。若公安机关通过补充侦查收集到充分证据（如新增证人证言、银行流水、发票流向等），可重新移送检察院审查起诉，案件可能进入下一诉讼程序。
关键点：补充侦查需围绕法院退回时指出的“证据不足点”展开，例如：

• 虚开发票的金额、数量是否查实；
  
• 是否存在真实交易背景（如合同、物流单据）；
  
• 涉案人员的主观故意（如是否明知发票虚假仍使用）。
  

2. 公安机关变更强制措施或终止侦查

若补充侦查后仍证据不足，公安机关可能根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第186条，采取以下措施：

• 变更强制措施：对已逮捕的犯罪嫌疑人，可能变更为取保候审或监视居住，继续调查；
  
• 终止侦查：若证据无法达到“犯罪事实清楚，证据确实充分”的标准，公安机关可终止侦查，并释放犯罪嫌疑人。
  例外情形：若案件涉及共同犯罪或上下游链条，公安机关可能对部分嫌疑人终止侦查，但对其他嫌疑人继续调查。

3. 检察院作出不起诉决定

若公安机关补充侦查后再次移送检察院，检察院仍认为证据不足，可能依据《刑事诉讼法》第177条作出“存疑不起诉”决定。此时：

• 犯罪嫌疑人无罪释放，但若后续发现新证据，可重新启动诉讼程序；
  
• 涉案财物（如冻结的资金、查封的财产）应依法返还。
  

4. 当事人如何应对？

• 若为嫌疑人：
  
  • 积极配合调查，但拒绝自证其罪（如拒绝签署虚假笔录）；
    
  • 委托律师审查证据链漏洞，申请取保候审或争取不起诉；
    
  • 关注公安机关补充侦查方向，提前准备反驳证据（如真实交易记录）。
    
• 若为受害方：
  
  • 向公安机关提供线索（如虚假发票的来源、资金流向）；
    
  • 若案件终止，可提起民事诉讼要求赔偿损失（如因虚开发票导致的税款损失）。
    

提示：虚开发票案件的证据链需满足“行为违法性+主观故意+社会危害性”三要素。若公安机关处理结果存疑，可随时向我咨询具体应对策略。