针对您提出的“证据不足工厂不开发票怎么处理”的问题，这确实是一个涉及企业财务管理和税务合规的重要方面。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，发票是企业进行财务核算和税务申报的重要依据。如果工厂因为某些原因（如证据不足）拒绝开具发票，这可能会给您的企业带来税务和法律上的风险。
一、处理原则
在处理此类问题时，您应遵循以下原则：
- 合法合规：确保所有操作都符合税法和相关法规的要求。
- 证据充分：尽可能收集和保留与交易相关的所有证据，以证明交易的真实性和合法性。
- 积极沟通：与工厂进行积极沟通，了解其不开发票的具体原因，并尝试协商解决。
二、具体处理步骤
收集证据：
- 保留与工厂的所有交易记录，包括合同、订单、付款凭证等。
- 如果可能，获取工厂的书面说明或承诺，解释其不开发票的原因。
- 收集其他能够证明交易真实性和合法性的证据，如货物运输证明、入库出库记录等。
与工厂沟通：
- 向工厂明确表达您需要发票的合法性和必要性。
- 了解工厂不开发票的具体原因，并尝试协商解决方案。
- 如果工厂坚持不开发票，您可以考虑向其上级主管部门或相关监管机构反映情况。
税务处理：
- 如果工厂确实无法开具发票，但您能够提供充分的证据证明交易的真实性和合法性，您可以根据税法的规定，凭相关证据进行税前扣除。这通常包括无法补开、换开发票原因的证明资料、相关业务活动的合同或协议、采用非现金方式支付的付款凭证等。
- 如果您无法提供充分的证据，或者税务机关对您的证据存在疑虑，那么您可能无法进行税前扣除，并可能需要承担相应的税务风险。
法律途径：
- 如果工厂的行为涉嫌违法或违规，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
- 您可以咨询专业律师，了解您的法律权利和可能的诉讼途径。
三、预防措施
为了避免类似问题的再次发生，您可以采取以下预防措施：
- 加强合同管理：在签订合同时，明确约定发票的开具时间和方式。
- 选择信誉良好的供应商：在选择工厂或供应商时，考虑其信誉和合规性。
- 定期审计和检查：定期对企业的财务和税务情况进行审计和检查，确保合规性。
综上所述，处理“证据不足工厂不开发票”的问题需要您遵循合法合规的原则，收集充分的证据，与工厂进行积极沟通，并根据税法的规定进行税务处理。如果问题无法得到解决，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益。同时，为了预防类似问题的再次发生，您应加强合同管理、选择信誉良好的供应商，并定期进行审计和检查。