当公安在查处虚开发票案件时，如果遇到证据不足的情况，其处理流程会遵循严格的法律程序和规定。以下是对这一问题的详细解答：

一、证据不足时的初步处理

1. 补充调查：

   • 在发现证据不足时，公安机关的法制部门会报经本级公安机关主管领导批准，将案件退回办案部门进行补充调查。
   • 办案部门会进一步收集、调取证据材料，以完善案件证据链。

2. 审查证据：

   • 公安机关会合法、及时、客观、全面地收集、调取证据材料，并予以审查、核实。
   • 审查过程中，会重点关注证据的确实性、充分性、合法性，以及事实是否清楚、定性是否准确等。

二、证据不足时的可能结果

1. 不立案或撤销案件：

   • 如果经过补充调查后，仍然无法收集到足够的证据来证明虚开发票的违法事实，公安机关可能会决定不立案或撤销案件。
   • 这是基于“无罪推定”原则，即在没有足够证据证明犯罪事实的情况下，不得对嫌疑人进行定罪处罚。

2. 继续侦查：

   • 在某些情况下，虽然当前证据不足，但公安机关可能认为存在进一步侦查的价值和可能性。
   • 此时，公安机关可能会继续开展侦查工作，以收集更多证据来支持或反驳虚开发票的指控。

三、证据不足时的法律保障

1. 嫌疑人的权利：

   • 在证据不足的情况下，嫌疑人有权保持沉默，不承担自证无罪的义务。
   • 嫌疑人也有权委托律师进行辩护，以维护自己的合法权益。

2. 公安机关的义务：

   • 公安机关在侦查过程中，必须严格遵守法律程序和规定，确保侦查活动的合法性和正当性。
   • 公安机关不得使用非法手段收集证据，如刑讯逼供、威胁引诱等。

四、实际案例参考

以您提供的参考信息为例，如果公安机关在查处某公司虚开发票案件时，发现该公司登记的经营地址为虚构地址，且所有联系人电话均无法联系或空号，同时未履行税收义务并脱离税务机关监管，这些证据可能足以支持公安机关对该公司进行立案侦查。然而，如果在实际侦查过程中，公安机关发现这些证据并不足以证明该公司存在虚开发票的违法事实，或者存在其他合理怀疑和解释，那么公安机关可能会根据证据不足的情况，决定不立案或撤销案件。

五、建议

• 配合调查：如果公司或个人被公安机关怀疑涉及虚开发票案件，应积极配合公安机关的调查工作，提供相关证据和资料。
• 寻求法律帮助：在证据不足或存在争议的情况下，建议及时寻求专业律师的法律帮助，以维护自己的合法权益。

综上所述，当公安在查处虚开发票案件时遇到证据不足的情况，会遵循严格的法律程序和规定进行处理。这既保障了嫌疑人的合法权益，也确保了侦查活动的合法性和正当性。