针对您提出的“证据不足不予处罚单位怎么处理”的问题，我们可以从法律原则、法律依据以及具体应用三个方面来详细解答。
一、法律原则
“证据不足不予处罚”是法律领域的一项重要原则，它确保了行政执法和刑事司法的公正性和准确性。当现有的证据无法达到法律规定的证明标准，无法确凿地证明当事人的违法事实时，执法机关或司法机关就不能对当事人作出处罚决定。这一原则体现了法律对证据的严格要求，以及对当事人合法权益的保护。
二、法律依据
《中华人民共和国行政处罚法》：
- 该法第五十七条规定，调查终结后，行政机关负责人应当对调查结果进行审查。如果违法事实不能成立，即证据不足导致无法认定违法事实，那么行政机关就不予行政处罚。
《中华人民共和国刑事诉讼法》：
- 该法第一百七十五条规定，对于需要补充侦查的案件，如果二次补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
- 第二百条规定，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
《治安管理处罚法》（针对治安案件）：
- 公安机关在处理事实不清、证据不足的治安案件时，需积极开展补充性的调查研究工作。若经再次深入探查后，仍旧无法准确获取事实真实信息或证据积累不足，则不应作出处罚决定，并应将相应情况详细传达给被调查者以及报案人、控告人、举报人。
三、具体应用
行政执法案例：
- 例如，某市市场监督管理局接到举报称一家食品店销售过期食品。但执法人员前往检查时，发现店内部分食品的保质期标注模糊，且仅凭现有证据难以确定这些食品确实超过了保质期。店主也否认存在销售过期食品的行为，且现场没有消费者购买到过期食品的直接证据。在这种情况下，由于证据不足，市场监督管理局不能对该食品店作出行政处罚决定。
刑事司法案例：
- 警方侦破一起盗窃案件，锁定了一名嫌疑人。但嫌疑人在案发现场没有留下指纹、脚印等直接证据，也没有目击证人能够指认其实施盗窃行为。虽然嫌疑人的行为表现较为可疑，但从法律角度讲，现有的证据不足以证明其就是盗窃行为人。最终，检察机关以证据不足为由，作出了不起诉的决定。
治安案件处理：
- 针对事实存有争议且证明材料尚不充足的治安案件，公安机关需积极开展补充性的调查研究工作。若经再次深入探查后仍旧无法确认存在违反法规行为，则不应作出处罚决定，并应尽快解除对涉事人员的强制措施（如行政拘留等）。
四、单位处理建议
对于单位而言，如果面临证据不足不予处罚的情况，可以采取以下措施：
积极配合调查：
- 单位应积极配合执法机关或司法机关的调查工作，提供必要的资料和协助。
加强内部管理：
- 单位应加强内部管理，完善相关制度和流程，防止类似事件再次发生。
寻求法律帮助：
- 如果单位对处理结果有异议或需要进一步的法律指导，可以寻求专业律师的帮助。
综上所述，“证据不足不予处罚”是法律领域的一项重要原则，它确保了行政执法和刑事司法的公正性和准确性。对于单位而言，应积极配合调查、加强内部管理，并在必要时寻求法律帮助。