结论：当员工因证据不足不予起诉时，所在单位一般无需进行特殊处理，但需根据具体情况，如员工是否在押、是否涉及单位利益等，采取相应的措施。以下从不同角度为您详细分析。

一、单位一般无需特殊处理

在大多数情况下，当员工因证据不足而不被起诉时，单位并不需要因此对其采取特殊的处理措施。这是因为，不予起诉的决定是基于法律程序和证据规则作出的，它并不直接涉及单位对员工的管理和评价。单位应继续按照既定的规章制度和劳动合同来管理员工，确保单位的正常运营和员工的合法权益。

二、若员工在押，单位需关注其释放情况

如果员工在案件调查或审查起诉阶段被羁押，而最终因证据不足不被起诉，那么单位需要关注员工的释放情况。一旦员工被释放，单位应确保其能够顺利返回工作岗位，并为其提供必要的支持和帮助。这有助于维护员工的合法权益，也有助于保持单位的稳定和和谐。

三、若案件涉及单位利益，单位需谨慎处理

如果案件涉及单位的利益，如员工被指控的犯罪行为与单位业务相关，那么单位在处理此类情况时需要更加谨慎。单位可以：

1. 了解案件详情：与员工沟通，了解案件的具体情况和不予起诉的原因，以便更好地评估对单位的影响。
2. 评估影响：根据案件详情，评估不予起诉决定对单位业务、声誉等方面的影响，并制定相应的应对措施。
3. 依法处理：如果员工的犯罪行为确实给单位造成了损失，单位可以依法追究其民事责任，如要求赔偿损失等。但需注意，这一过程应遵循法律程序，确保单位的合法权益得到保障。

四、单位应遵守法律规定，保障员工权益

无论在何种情况下，单位都应遵守法律规定，保障员工的合法权益。这包括但不限于：

• 不歧视：不得因员工曾被调查或起诉而对其进行歧视或解雇。
• 保密义务：对员工的个人信息和案件情况予以保密，避免泄露给无关人员。
• 提供支持：在员工需要时，为其提供必要的法律支持和帮助，如协助联系律师等。

法律背景与建议：

根据我国《刑事诉讼法》的相关规定，证据不足不予起诉是检察院在审查起诉阶段作出的决定。这一决定并不意味着员工完全无罪，而是基于当前证据无法证明其有罪。因此，单位在处理此类情况时，应保持客观和理性，避免对员工进行不公正的评价或处理。

如果单位对不予起诉决定有疑问或担忧，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。同时，单位也可以加强与员工的沟通和交流，了解其想法和需求，共同维护单位的稳定和和谐。

后续行动建议：

• 单位可以定期组织法律培训，提高员工的法律意识和风险防范能力。
• 在处理涉及员工利益的案件时，单位应建立完善的内部机制，确保处理过程的公正性和透明性。
• 如果员工因案件受到不公正对待或遭受损失，单位应积极协助其维护合法权益。

如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。