如果确认劳动关系时公司认可，法院一般会判决确认双方存在劳动关系。以下从不同角度为你详细分析：

法院判决确认劳动关系的依据

在劳动争议案件中，当公司认可与劳动者存在劳动关系时，这通常意味着双方对于劳动关系的存在没有争议。法院在审理此类案件时，会依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》以及相关劳动法律法规，结合双方提供的证据和陈述，对劳动关系是否存在进行审查。由于公司已经认可，这大大简化了法院的审查过程，法院通常会直接依据双方的认可来判决确认劳动关系。

可能的例外情况

虽然公司认可劳动关系是法院判决确认劳动关系的有力证据，但也存在一些例外情况，可能导致法院不直接依据公司的认可来判决：

1. 证据不足或存在矛盾：如果劳动者提供的证据与公司认可的事实存在矛盾，或者证据不足以支持劳动关系的存在，法院可能会要求双方进一步提供证据，或者进行更深入的审查。在这种情况下，即使公司认可劳动关系，法院也可能不会直接判决确认，而是会依据更充分的证据来作出判决。
2. 涉及第三方利益：在某些情况下，劳动关系的确认可能涉及到第三方的利益，如其他劳动者、债权人等。如果确认劳动关系可能损害第三方的利益，法院可能会更加谨慎地审查，并可能要求提供更多的证据来支持劳动关系的存在。
3. 公司认可的真实性存疑：如果法院对公司认可劳动关系的真实性存在疑问，比如认为公司可能是出于某种目的（如逃避法律责任、配合劳动者获取某种利益等）而认可劳动关系，法院可能会进行更深入的调查，并可能不直接依据公司的认可来判决。

法律建议

1. 保留证据：无论公司是否认可劳动关系，劳动者都应该尽可能保留与劳动关系相关的证据，如劳动合同、工资单、工作证、考勤记录等。这些证据在劳动争议案件中往往起着至关重要的作用。
2. 及时咨询律师：如果劳动者在确认劳动关系的过程中遇到任何问题或困惑，应该及时咨询专业律师。律师可以根据劳动者的具体情况和法律法规，为劳动者提供专业的法律建议和帮助。
3. 注意诉讼时效：劳动者在提起劳动争议诉讼时，应该注意诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应该在规定的时效期间内提起诉讼或申请仲裁，以维护自己的合法权益。

如果你在确认劳动关系或劳动争议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。