关于加班三天内没提交的后果，这主要取决于公司内部的规章制度以及加班申请和审批的具体流程。以下是从不同角度的分析：
公司规章制度角度：
- 无明确规定：如果公司规章制度中并未明确规定加班申请的提交时限，那么员工在加班后三天内未提交申请，通常不会直接产生法律上的不利后果。但员工可能因此错过公司内部的加班记录或统计，进而影响加班工资的发放或调休的安排。
- 有明确规定：若公司规章制度中明确规定了加班申请的提交时限（如加班后24小时内或特定工作日内提交），并且员工未在规定时间内提交，那么根据规章制度，员工可能面临加班不被认可、无法获得加班工资或调休等后果。这种情况下，公司有权依据规章制度对员工进行相应的处理。
法律后果角度：
- 加班工资支付：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，员工加班后，公司应当支付加班工资。但加班工资的支付通常以公司认可的加班事实为前提。如果员工未在规定时间内提交加班申请，且公司因此不认可加班事实，那么员工可能面临无法获得加班工资的风险。然而，如果员工能够提供其他证据（如工作记录、同事证言等）证明加班事实的存在，仍有可能要求公司支付加班工资。
- 劳动争议处理：如果员工因未提交加班申请而与公司产生劳动争议，员工可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供充分的证据证明加班事实的存在以及公司未支付加班工资的事实。
实际操作建议角度：
- 及时沟通：如果员工因特殊原因未能在规定时间内提交加班申请，建议及时与公司相关部门或上级沟通，说明情况并寻求解决方案。
- 保留证据：员工在加班过程中应尽可能保留相关证据（如工作记录、邮件往来、同事证言等），以备不时之需。
- 遵守规章制度：员工应严格遵守公司的规章制度，按照规定的流程和时间提交加班申请，以避免不必要的麻烦和损失。
总结来说，加班三天内没提交申请的后果主要取决于公司规章制度和加班申请流程的具体规定。为避免潜在的风险和损失，建议员工严格遵守公司规章制度，及时提交加班申请，并保留好相关证据。如果遇到问题或有任何疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。