在综合计算工时工作制下，当周期内超过法定的加班时间后，加班费的支付需遵循严格的法律规定，以确保劳动者的合法权益。以下是对此问题的详细解答：

一、加班工资的计算基础

首先，我们需要明确加班工资的计算基数。这通常是劳动者本人小时工资，具体计算方式为：月工资收入除以月计薪天数（21.75天）再除以8小时。这个基数是计算所有类型加班工资的基础，确保加班费的支付有明确的计算标准。

二、加班工资的支付标准

1. 平时加班：

   • 在综合计算周期内，若劳动者实际工作时间总数超过该周期法定标准工作时间总数，超出部分视为延长工作时间。
   • 用人单位应按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。例如，若以月为周期，超出的小时数乘以小时工资再乘以150%，即为应支付的加班费。

2. 休息日加班：

   • 在综合工时制下，周末工作应优先安排补休。
   • 若不能安排补休，则按照不低于劳动者本人小时工资标准的200%支付加班工资。这里的“休息日”是根据综合计算周期来确定的非工作日，而非固定的周六周日。

3. 法定节假日加班：

   • 无论综合计算周期内的总工作时间是否超过法定标准工作时间，只要劳动者在法定节假日工作，用人单位都应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
   • 法定节假日的加班费不能通过补休来替代，这是法律对劳动者在特殊日期工作的特殊补偿。

三、加班时长的限制

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工在正常工作周期以外的延长期限内工作的小时数，平均每月累计不得超过36小时。这是为了保护劳动者的身心健康，防止过度加班。若超出此限制，用人单位不仅需继续按照每小时150%的比例计算加班费，还可能面临法律责任。

四、实际操作中的注意事项

1. 完善考勤制度：企业应建立完善的考勤制度，准确记录员工的出勤情况，包括加班时长和加班日期，为加班工资的计算提供可靠依据。

2. 及时沟通确认：在计算和发放加班工资前，企业应与员工进行充分沟通，确保双方对加班时长和计算方式无异议。这有助于避免后续的纠纷和误解。

3. 依法依规操作：企业应严格遵守相关法律法规的规定，确保加班工资的计算和发放合法合规。任何违反法律规定的操作都可能给企业带来法律风险和声誉损失。

综上所述，综合计算工时工作制下周期内超过法定的加班时间后，加班费的支付需根据加班时间类型和加班工资计算基数来确定，并严格遵守加班时长限制。企业应建立健全的加班管理制度，确保劳动者的合法权益得到充分保障。