土地建设违法（即违章建筑）的管辖问题，主要涉及多个政府部门依据违法建筑的类型和地点共同负责。以下是对各部门职责的详细梳理，以便您更清晰地了解不同情况下应由哪个部门来管辖：

1. 县级以上人民政府土地行政主管部门（自然资源部门）

   • 主要职责：负责土地资源的统一管理和监督，对未经批准或骗取批准非法占用土地（包括耕地）进行建设的行为进行查处。
   • 具体措施：可责令停止违法行为、限期拆除违法建筑，恢复土地原状。例如，对于在耕地上擅自建设厂房、住宅等非农设施的行为，自然资源部门有权依法介入处理。

2. 城乡规划主管部门

   • 主要职责：负责城市规划区内违章建筑的认定和处罚。在农村地区，若违法建筑影响到乡村规划或整体风貌，城乡规划部门也可能参与处理。
   • 具体措施：对未取得建设工程规划许可证或未按其规定建设的，可责令停止建设，并采取改正措施、拆除、没收实物或违法收入等处罚。

3. 乡（镇）人民政府

   • 主要职责：在农村地区负责乡村建设规划管理工作，对违章建筑进行查处和管理。特别是对于农村村民未经审批在宅基地以外乱搭乱建、在耕地上违规建设等行为，有权进行处理。
   • 具体措施：一旦发现耕地上的违建行为，及时制止并向上级部门报告；在部分地区，根据相关授权，可直接查处部分符合条件的农村违建，并组织实施拆除等工作。

4. 城市管理行政执法局（或城市管理综合行政执法局）

   • 主要职责：负责城市规划区内违反规划建设规定的违章建筑的查处。虽然主要针对城市区域，但在城乡结合部或规划区边缘的违法建筑，也可能由其负责。
   • 具体措施：对街边私自搭建的商铺、违规加建的楼层等违章建筑进行调查和处理。

5. 农业农村部门

   • 主要职责：在农村耕地保护和违建管理方面承担重要职责，特别是涉及农村宅基地管理等方面。
   • 具体措施：对农村村民未经批准或骗取批准，非法占用土地建住宅的行为进行监督检查和处罚，包括责令退还非法占用的土地，限期拆除新建房屋等。

实际应用中的综合处理：

• 在实际操作中，对于土地建设违法问题，往往不是单一部门能够独立处理的。例如，在农村地区，若违法建筑既涉及非法占用耕地，又影响乡村规划，那么自然资源部门、农业农村部门和乡（镇）人民政府可能需要共同协作，形成合力进行查处。
• 此外，公众如发现土地建设违法行为，可向上述相关部门进行举报或咨询。各部门会根据具体情况给出相应的处理意见和措施，共同维护土地管理秩序和城乡规划建设的顺利进行。

总结与建议：

• 土地建设违法问题的管辖是一个涉及多个政府部门的综合性工作。各部门之间需密切协作，依据相关法律法规，共同维护城乡建设的秩序和安全。
• 若您遇到土地建设违法问题，建议首先观察违法建筑的类型和地点，然后向对应的政府部门进行举报或咨询。同时，保留好相关证据，以便在后续处理过程中维护自己的合法权益。

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