结论：开发企业发生居间费后由个人注册个体户提供发票是否合法，需分情况判断，关键在于是否符合税法及发票管理规定，且业务真实、交易对价合理。以下分情况说明：

1. 若个体户与开发企业存在真实业务往来，且居间服务实际发生
   根据《发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位/个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应向付款方开具发票。若个人注册个体户后，确实为开发企业提供了居间服务（如促成交易、协调资源等），且服务内容、金额与合同约定一致，则个体户开具发票的行为合法。此时需注意：

   • 个体户需依法办理税务登记，按实际经营情况申报纳税（如增值税、个人所得税等）；
     
   • 发票内容需与实际业务一致（如“居间服务费”），不得虚开（如虚构服务内容、金额）。

2. 若个体户与开发企业无真实业务，仅为“代开发票”
   若个人注册个体户的目的是为开发企业“代开”发票，而实际未提供居间服务（如虚构交易、资金空转），则属于违法行为。根据《刑法》第二百零五条之一及《发票管理办法》第二十二条，虚开发票（包括为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开）可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）或刑事责任（如虚开发票罪，最高可处七年有期徒刑）。

   • 常见风险场景：开发企业为降低税负，要求个人注册个体户“走账”，通过虚构居间费套取资金；或个体户为赚取“开票费”，协助开发企业虚增成本。

3. 关键合规要点

   • 业务真实性：开发企业需留存居间服务合同、服务过程证据（如沟通记录、成果文件）、付款凭证等，证明交易真实发生；
     
   • 税务合规：个体户需按实际收入申报纳税，开发企业需履行代扣代缴义务（如个人所得税）；
     
   • 发票合规：发票内容、金额需与合同、资金流一致，避免“三流不一致”（合同流、资金流、发票流）引发的税务风险。

建议：若开发企业需通过个体户支付居间费，务必确保业务真实、合同规范、税务合规，避免因虚开发票或偷逃税款引发法律风险。如有具体操作疑问，可直接向我咨询，我会结合您的业务模式提供详细合规方案。