合同约定居间费开具3%的专票是合法的，但前提是需要符合税法规定。下面我从几个方面来详细解释这个问题：

1. 居间费与专票的关系：居间费是指居间人（即中介人）为促成交易双方达成合同而收取的报酬。在商业活动中，居间费是常见的费用类型。专票，即增值税专用发票，是纳税人销售货物、提供应税劳务、发生应税行为等开具的发票，是购买方支付增值税额并可按照增值税有关规定据以抵扣增值税进项税额的凭证。因此，居间费作为应税行为的一种，理论上可以开具专票。

2. 税率问题：合同约定居间费开具3%的专票，这里的3%通常指的是增值税税率。在我国，不同的应税行为适用不同的增值税税率或征收率。对于居间服务，如果属于现代服务业中的中介服务，一般适用6%的增值税税率。但也有一些特殊情况，如小规模纳税人提供的居间服务，可能适用3%的征收率。因此，合同约定3%的税率是否合法，取决于提供居间服务的纳税人的身份和具体的税收政策。

3. 合法性判断：要判断合同约定居间费开具3%的专票是否合法，需要综合考虑以下几个方面：

   • 纳税人的身份：是否为小规模纳税人或享受特定税收优惠政策的纳税人。
   • 税收政策的适用：居间服务是否属于特定税收政策适用的范围。
   • 合同的约定：合同内容是否明确、合法，且符合税收法规的规定。

如果以上条件均满足，那么合同约定居间费开具3%的专票就是合法的。但如果存在任何不符合税收法规的情况，如纳税人身份不符、税收政策不适用或合同内容违法等，那么这样的约定就是不合法的。

综上所述，合同约定居间费开具3%的专票在符合税法规定的前提下是合法的。如果您在具体操作中遇到任何疑问或问题，可以随时向我咨询。