居间费用超过3%并不直接构成违法行为，其合法性主要取决于双方约定的真实性、合理性以及是否存在违法违规情形。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律未设上限，约定自由
我国法律并未明确规定居间费用的具体比例上限。根据《中华人民共和国民法典》第九百六十三条，中介人促成合同成立的，委托人应当按照约定支付报酬。这表明，居间费用的高低应由当事人之间根据交易情况、服务内容、市场行情等因素协商确定。因此，只要双方约定真实、合法，且不存在欺诈、胁迫等违法违规情形，居间费用超过3%并不违法。
二、合法性判断标准
真实意愿：居间费用的约定必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等违法违规情形。如果一方在签订合同时存在误解或被迫接受不合理的费用，该约定可能因缺乏真实意愿而无效。
合理性与公平性：居间费用应与服务内容、市场行情相匹配，不应显失公平。若一方利用优势地位或对方缺乏经验，导致权利与义务明显失衡，受损方有权请求变更或撤销约定。例如，如果居间人提供的服务内容简单，却要求高额费用，可能构成显失公平。
不违反公序良俗：居间费用的约定不得违反社会公共利益和道德风尚。过高的费用可能被视为不道德或不合理的行为，从而可能影响合同的效力。
三、特殊情况下的处理
显失公平与高额费用：若居间费用明显过高，存在显失公平的情况，或通过不正当手段谋取高额居间费（如恶意串通损害他人利益），相关方可通过法律途径主张调整或确认约定无效。在这种情况下，法院可能会根据具体情况，对居间费用进行合理调整。
特定行业限制：在受政府指导价约束的特定行业中，可能存在对居间费用的法定收费限制。若超过该限制，则可能构成违法。例如，在某些受监管的行业，政府可能规定了居间费用的最高限额，以保护消费者权益。
四、实践建议
明确约定：在签订居间合同时，双方应明确约定居间费用的支付方式和标准，确保约定的合法性、合理性和真实性。这有助于避免后续纠纷的发生。
参考行业惯例：在确定居间费用时，可以参考所在行业的惯例性收费标准，但需注意这些标准并非强制性规定，仍需结合具体情况进行协商。行业惯例可以作为双方协商的参考依据，但不应成为唯一依据。
遵守法律法规：双方在协商居间费用时，应确保约定内容不违反相关法律法规的强制性规定，特别是关于反不正当竞争、反垄断等方面的法律法规。这有助于维护市场的公平竞争秩序。
保留证据：在合同履行过程中，双方应妥善保留相关证据，如合同文本、交易记录、沟通记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。证据是维护自身权益的重要依据。
总结来说，居间费用超过3%并不直接违法，关键在于双方约定的合法性、合理性和真实性。在实际操作中，应综合考虑交易的具体情况、约定过程以及是否存在其他违法因素，以确保居间费用的合法有效性。如果您在居间合同方面遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。