结论：用人单位在三方协议期间扣学生工资是否合法，需根据具体情况判断，若用人单位无正当理由扣减工资，则不合法；若因学生原因给用人单位造成损失，用人单位可按合同约定扣减，但扣减后工资不得低于当地最低工资标准。以下从不同角度详细分析：
一、三方协议期间学生的身份及工资支付原则
三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。在三方协议期间，学生通常还未正式毕业，但已与用人单位达成就业意向，并可能开始实习或工作。
从法律角度讲，若学生已实际为用人单位提供劳动，则双方构成劳动关系（或实习关系，具体取决于协议内容及实际履行情况），用人单位应按照约定支付工资。工资支付应遵循《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定，确保工资的及时、足额支付。
二、用人单位扣减工资的合法情形
合同约定：若三方协议或后续签订的劳动合同中明确约定了扣减工资的情形（如迟到、早退、旷工、工作失误造成损失等），且这些约定不违反法律法规的强制性规定，则用人单位在符合约定条件时有权扣减工资。
法定情形：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
三、用人单位非法扣减工资的情形及后果
无正当理由扣减：若用人单位无正当理由（如未达成业绩目标但非员工过错、内部调整等）扣减学生工资，则构成违法行为。学生有权要求用人单位补发被扣减的工资，并可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
扣减后工资低于最低标准：即使因学生原因给用人单位造成损失，若扣减后的工资低于当地最低工资标准，用人单位也需按最低工资标准支付。否则，同样构成违法行为。
四、建议与措施
审查协议内容：学生在签订三方协议或劳动合同时，应仔细审查协议中关于工资支付、扣减及赔偿的条款，确保自己的权益得到保障。
保留证据：在工作过程中，学生应保留好与工资支付相关的证据（如工资条、银行转账记录、考勤记录等），以便在发生纠纷时维权。
及时沟通：若发现用人单位有非法扣减工资的行为，学生应及时与用人单位沟通，要求补发工资或解释扣减原因。若沟通无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
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