结论：国企劳务派遣公司通知更换派遣单位，且变更后工资由劳务派遣公司发放，这一做法本身并不直接违反法律规定，但关键在于是否遵循了法定程序、是否保障了劳动者的合法权益，以及是否符合劳务派遣的相关规定。以下从多个角度进行分析：
一、劳务派遣单位变更的合法性
合同变更的合法性：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳务派遣单位与被派遣劳动者订立的劳动合同，除应当载明本法第十七条规定的事项外，还应当载明被派遣劳动者的用工单位以及派遣期限、工作岗位等情况。若劳务派遣单位需要变更用工单位，应与劳动者协商一致，并变更劳动合同的相关内容。
- 若劳务派遣公司未经劳动者同意，擅自更换派遣单位，可能构成违法变更劳动合同，劳动者有权拒绝，并可以要求原劳务派遣公司继续履行原合同或支付经济补偿。
派遣单位资质的合法性：
- 新的劳务派遣单位必须具备相应的劳务派遣资质，否则，该派遣行为可能因主体不适格而无效。
二、工资发放主体的变更
工资发放的合法性：
- 工资发放主体变更本身并不直接违法，关键在于变更后是否仍然能够保障劳动者的工资权益。若新的劳务派遣公司能够按时足额支付工资，且工资标准不低于原合同约定，则这种变更是合法的。
- 若变更后工资发放不及时、不足额或工资标准降低，则可能侵犯劳动者的合法权益，劳动者有权要求支付拖欠的工资、经济补偿等。
工资发放的约定：
- 劳动者应仔细审查与新的劳务派遣公司签订的劳动合同或相关协议，确保其中明确约定了工资发放的时间、方式、标准等关键条款。
三、劳动者权益的保障
知情权与协商权：
- 劳动者在面临劳务派遣单位变更时，有权了解变更的具体原因、新的派遣单位的情况以及工资发放等关键信息。同时，劳动者有权与劳务派遣公司进行协商，就变更事项达成一致意见。
异议权与救济权：
- 若劳动者对劳务派遣单位的变更或工资发放主体的变更有异议，可以及时向劳务派遣公司提出，并要求其进行解释或纠正。若劳务派遣公司拒绝纠正或无法达成一致意见，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
四、实际操作建议
审查合同与协议：
- 劳动者在接到劳务派遣单位变更的通知后，应仔细审查与新的劳务派遣公司签订的劳动合同或相关协议，确保其中明确约定了各项权益保障条款。
保留证据：
- 劳动者应保留好与原劳务派遣公司以及新的劳务派遣公司之间的沟通记录、合同文本、工资发放记录等证据材料，以备不时之需。
及时咨询与维权：
- 若劳动者对变更事项有疑问或认为自己的权益受到侵犯，应及时向专业律师咨询，并根据律师的建议采取相应的维权措施。
总结来说，国企劳务派遣公司通知更换派遣单位且变更后工资由劳务派遣公司发放，这一做法在遵循法定程序、保障劳动者合法权益且符合劳务派遣相关规定的前提下是合法的。但劳动者应仔细审查相关合同与协议，确保自己的权益得到充分保障。如有任何疑问或权益受到侵犯，请直接向我咨询。