乙方在未收到款项的情况下自行停工，其合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果双方签订的合同中明确规定了付款时间、方式以及乙方在未收到款项时的权利，包括停工权，那么乙方在未收到款项时按照合同约定停工是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。若合同中有明确约定，乙方有权依据合同行使停工权。
合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定乙方在未收到款项时可以停工，那么乙方自行停工可能构成违约行为。
- 法律后果：乙方可能需要承担因停工给甲方造成的损失，包括但不限于工期延误的违约金、甲方因此产生的额外费用等。
二、法律规定角度
同时履行抗辩权或先履行抗辩权：
- 在双务合同中，如果一方未履行其义务，另一方有权拒绝履行自己的义务。这被称为同时履行抗辩权或先履行抗辩权（取决于合同的具体履行顺序）。
- 应用条件：若乙方与甲方之间的合同属于双务合同，且甲方未按照约定支付款项，乙方在符合法律规定的条件下可以行使抗辩权，暂停履行自己的义务（如停工）。但需注意，行使抗辩权需严格符合法律规定的条件，且通常需通过法律程序或协商来确认。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百二十五条（同时履行抗辩权）和第五百二十六条（先履行抗辩权），乙方在特定条件下有权拒绝甲方的履行要求。
法定解除权：
- 如果甲方迟延履行主要债务，经催告后在合理期限内仍未履行，乙方有权解除合同。在解除合同的情况下，乙方停工是合法的，且有权要求甲方赔偿损失。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百六十三条，因迟延履行主要债务导致合同目的不能实现的，乙方有权解除合同。
三、实际操作建议
- 审查合同条款：乙方应首先审查合同中的相关条款，了解自己在未收到款项时的权利和义务。
- 与甲方协商：在停工前，乙方应尝试与甲方进行协商，了解甲方未付款的原因，并寻求解决方案。
- 发送催告通知：如果协商无果，乙方可以向甲方发送催告通知，要求甲方在合理期限内支付款项。
- 考虑法律途径：如果甲方在催告后仍未支付款项，乙方可以考虑通过法律途径解决纠纷，如提起诉讼或申请仲裁。
总结来说，乙方在未收到款项时自行停工的合法性取决于合同的具体约定以及法律的规定。在采取行动前，乙方应仔细审查合同条款，与甲方进行协商，并考虑通过法律途径解决纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。