店员偷钱后私了所签订的签证协议，其法律效力需分情况讨论，一般而言，该协议可能因涉及违法或违背公序良俗而无效，但在特定条件下也可能部分有效或经修正后有效。以下是对此问题的详细分析：
一、协议可能无效的情况
协议内容违法：
- 如果店员偷钱的行为已经构成犯罪（如盗窃罪），而双方私了所签订的协议中包含了掩盖犯罪事实、逃避法律制裁等违法内容，那么该协议因违反法律的强制性规定而无效。
- 例如，协议中约定店员不承担任何法律责任，或者雇主不向公安机关报案等，这些条款均因违法而无效。
协议违背公序良俗：
- 公序良俗是指公共秩序和善良风俗，是社会一般道德和伦理的体现。如果协议的内容违背了公序良俗，如通过私了方式纵容犯罪行为，那么该协议也可能被认定为无效。
- 在这种情况下，即使双方自愿签订了协议，法院也可能因其违背公序良俗而宣告其无效。
二、协议可能部分有效或经修正后有效的情况
协议部分内容合法：
- 如果协议中除了涉及违法或违背公序良俗的内容外，还有其他合法且合理的条款，如店员承认偷钱事实并承诺赔偿等，那么这些合法条款可能仍然有效。
- 法院在审理此类案件时，可能会对协议进行分割处理，只认定合法部分的效力，而宣告违法或违背公序良俗部分的无效。
协议经修正后符合法律规定：
- 如果双方愿意对协议进行修正，使其符合法律的规定和公序良俗的要求，那么修正后的协议可能具有法律效力。
- 例如，双方可以重新签订一份协议，明确店员承认偷钱事实、承担赔偿责任，并同意接受法律的制裁等。这样的协议在符合法律规定和公序良俗的前提下，是具有法律效力的。
三、法律建议
及时报警：
- 如果发现店员偷钱的行为，雇主应首先及时向公安机关报案，由公安机关依法进行调查处理。
- 私了方式不仅可能掩盖犯罪事实，还可能使雇主陷入法律风险之中。
谨慎签订协议：
- 如果双方确实希望通过协商解决问题，应谨慎签订协议，并确保协议内容合法、合理且符合公序良俗。
- 在签订协议前，最好咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。
保留证据：
- 在处理此类事件时，雇主应保留好相关证据，如监控录像、证人证言等，以便在需要时提供证明。
如果您在处理此类事件时遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。作为专注于婚姻家庭、合同纠纷领域的专业律师，我将竭诚为您提供帮助。