结论：工伤停工留薪期满后过了3个月申请确认是否有效，需分情况讨论，若申请的是延长停工留薪期，一般已超过申请时效，可能无效；若申请的是工伤认定或劳动能力鉴定，在符合法定条件时仍有效。以下为详细分析：

若申请延长停工留薪期

1. 时效规定：根据相关规定，工伤职工停工留薪期满，存在残疾、影响劳动能力的，应当进行劳动能力鉴定，按规定享受伤残待遇。若需延长停工留薪期，应在停工留薪期满前向用人单位提出书面申请，经用人单位同意后，报统筹地区劳动能力鉴定委员会确认。一般没有明确规定在停工留薪期满后多久内可以申请延长，但从实际操作和合理性角度，期满后过3个月再申请延长，通常已超过合理期限，很可能不会被认可。
2. 原因说明：停工留薪期的设置是为了保障工伤职工在受伤治疗期间的基本生活和医疗需求，同时让用人单位能够合理安排工作。如果期满后长时间不申请延长，用人单位可能已经对工作安排做出了调整，此时再申请延长会给用人单位带来不必要的困扰和损失。而且，从证据的及时性和有效性来看，时间过长也可能导致相关证据的缺失或失效，不利于对工伤职工实际情况的准确判断。

若申请工伤认定

1. 时效规定：根据《工伤保险条例》第十七条规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
2. 情况分析：如果停工留薪期满后过了3个月，但距离事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起未超过1年，那么工伤职工或者其近亲属、工会组织仍然可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请，此时申请是有效的。但如果已经超过1年，除非有法定理由（如不可抗力等），否则社会保险行政部门将不予受理，申请无效。

若申请劳动能力鉴定

1. 时效规定：工伤职工经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，或者停工留薪期满（含劳动能力鉴定委员会确认的延长期限），工伤职工或者其用人单位应当及时向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请。法律并没有明确规定申请劳动能力鉴定的具体时效限制，但从实际操作来看，建议在伤情稳定后尽快申请。
2. 情况分析：停工留薪期满后过了3个月，如果工伤职工的伤情已经相对稳定，仍然可以向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请，此时申请是有效的。不过，如果因为拖延申请导致伤情出现新的变化或者证据灭失等情况，可能会影响鉴定结果的准确性和公正性。

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