补充协议是可以按照结算方式来进行结算的，但具体能否实现以及如何操作，需结合补充协议的内容、原合同的约定以及相关法律法规来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
一、补充协议与结算方式的关系
补充协议，作为对原合同的补充或修改，其法律效力与原合同相同。在补充协议中，双方可以就原合同中未约定或约定不明确的事项进行进一步明确，包括结算方式。因此，如果补充协议中明确约定了按照某种结算方式进行结算，那么双方就应当按照该约定执行。
二、结算方式的确定原则
合同约定优先：首先，应查看原合同和补充协议中是否对结算方式有明确约定。如果有，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方就应当按照该约定进行结算。
协商一致原则：如果原合同和补充协议中均未对结算方式作出明确约定，或者约定不明确，那么双方可以通过协商一致的方式确定结算方式。在协商过程中，双方应充分考虑项目的实际情况、市场价格、行业惯例等因素，以确保结算方式的公平、合理和可行性。
法律法规规定：在确定结算方式时，双方还应遵守相关法律法规的规定。例如，根据《两部门关于完善建设工程价款结算有关办法的通知》等文件，政府机关、事业单位、国有企业建设工程进度款支付应不低于已完成工程价款的80%，且在确保不超出工程总概（预）算以及工程决（结）算工作顺利开展的前提下，进度款支付比例可由发承包双方根据项目实际情况自行确定。这些规定对结算方式的确定具有一定的指导意义。
三、实际操作中的注意事项
明确结算条款：在签订补充协议时，双方应尽可能明确结算条款，包括结算方式、结算时间、结算金额等，以避免后续产生纠纷。
保留相关证据：在结算过程中，双方应保留好相关证据，如施工记录、验收报告、发票等，以便在发生纠纷时能够提供有力的证据支持。
及时沟通协商：如果在结算过程中出现分歧或争议，双方应及时沟通协商，寻求解决方案。如果协商不成，可以考虑通过法律途径解决纠纷。
四、案例参考
以利辛法院调解的建设工程施工合同纠纷为例，该案中双方当事人通过逐项对账、按照合同约定结合市场价格协商确定欠付工程款数额的方式解决了结算分歧。这表明，在补充协议中明确结算方式或通过协商确定结算方式是可行的，且有助于高效、和谐地解决纠纷。