补充协议在特定条件下可以变更付款方式，但必须确保合法合规，并遵循相关法律法规及招投标文件的规定。以下是对此问题的详细解答：
一、可以变更付款方式的情形及条件
合同有明确约定：
- 如果原合同中已明确允许通过补充协议变更付款方式，并且双方按照合同约定的程序和条件进行变更，则此种变更合法有效。
出现特殊客观情况：
- 在合同履行过程中，若遇到订立合同时无法预见的重大变化（如国家金融政策调整、不可抗力导致的资金周转困难等），且继续按原付款方式履行对一方明显不公平，双方可协商签订补充协议变更付款方式。
非实质性变更合同：
- 付款方式的变更若未对合同的基本权利义务产生实质影响，如仅对付款时间节点进行微调或在总金额不变的前提下更改付款途径，则通常不被视为实质性变更。这种情况下，签订补充协议改变付款方式通常是可行的。
二、不可以变更付款方式的情形
实质性变更合同：
- 如果付款方式的变更直接影响了当事人的基本权利，如显著延长支付期限、改变支付比例或导致一方利益受损，则很可能被视为实质性变更。此类变更通常需重新组织招标或经原招标审批部门批准后方可实施。
违反招投标文件规定：
- 招投标文件是招标活动的重要依据。如果补充协议改变付款方式违反了招投标文件中的相关规定（如招标文件明确规定付款方式且不允许更改），则该补充协议可能不具有法律效力。
损害其他投标人利益：
- 通过不合理地改变付款方式，使中标人获得不正当的竞争优势，可能损害其他未中标投标人的合法权益，破坏公平竞争的市场秩序。这种补充协议面临法律风险，并可能引发质疑和投诉。
三、合法变更付款方式的程序与要求
沟通与协商：
- 在变更付款方式前，双方应进行充分的沟通和协商，确保达成一致意见，并明确变更的具体内容、生效时间等关键条款。
签订书面补充协议：
- 若确需变更付款方式，应签订书面补充协议，并由双方签字盖章确认。补充协议的内容应清晰、具体、无歧义，且不得违背原招标文件和投标文件的实质性内容。
寻求法律意见：
- 在变更过程中，建议寻求专业法律人士的帮助，以确保变更的合法性和有效性，避免因违法变更导致合同无效或引发法律纠纷。
四、建议与注意事项
- 谨慎行事：在考虑改变付款方式时，应充分评估法律风险和潜在后果，避免不必要的法律纠纷。
- 咨询专业意见：在签订补充协议前，务必咨询专业律师或法律顾问，确保所拟定的协议内容合法合规。
- 重新招标或协商：如果确实需要改变付款方式且涉及实质性变更，应考虑重新招标或与相关部门协商，以确保程序的合法性和公正性。
综上所述，补充协议在特定条件下可以变更付款方式，但必须确保合法合规，并遵循相关法律法规及招投标文件的规定。在变更过程中，双方应保持沟通与合作，共同维护合同的稳定性和有效性。