补充协议的结算条款与主合同结算条款不一致时，应首先依据双方约定处理；若未约定，一般以补充协议为准，但若补充协议存在违法情形，则以主合同为准。

一. 结算条款不一致的处理原则

1. 依据双方约定：当补充协议的结算条款与主合同结算条款不一致时，首先应查看主合同和补充协议中是否有关于此类情形发生时以哪份合同为准的约定。若有明确约定，则应按照约定处理。
2. 以补充协议为准：若主合同和补充协议中未就结算条款不一致时的处理方式进行约定，那么根据一般原则，补充协议作为对主合同的补充和修改，其效力通常优先于主合同。因此，在不违反法律法规的前提下，应以补充协议的结算条款为准。
3. 以主合同为准的特殊情况：然而，若补充协议的签订存在违法情形，如违反招投标法规定、恶意串通损害国家利益等，那么补充协议的效力将受到质疑。在此情况下，应以主合同的结算条款为准。

二. 法律依据

• 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条：当事人就同一建设工程另行订立建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案中标合同作为结算工程价款的根据。这一规定虽然主要针对的是经过备案的中标合同，但也体现了在处理合同不一致时的基本原则，即应尊重双方约定，并在无约定时以补充协议为准（前提是无违法情形）。

三. 实例说明

• 例如，在某建设工程施工合同纠纷中，主合同约定了工程结算单价为每平方米100元，而后来签订的补充协议将结算单价修改为每平方米120元。若主合同和补充协议中未就结算单价不一致时的处理方式作出约定，且补充协议的签订合法有效，那么在实际结算时，应以补充协议中约定的每平方米120元为准。

综上所述，当补充协议的结算条款与主合同结算条款不一致时，应首先依据双方约定处理；若未约定，一般以补充协议为准，但需注意补充协议的合法性；若补充协议存在违法情形，则以主合同为准。如有进一步需要，您可以继续咨询我。