主合同与补充协议是否可以分开结算，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
合同条款的独立性：
- 若主合同与补充协议在条款上明确约定了各自独立的结算方式和时间，且双方均按照约定履行，那么理论上是可以分开结算的。例如，主合同约定了工程款的支付方式和时间，而补充协议则针对工程变更部分或额外服务部分约定了单独的结算方式，这种情况下，双方可以依据各自合同条款进行结算。
合同目的和整体性：
- 然而，若主合同与补充协议在内容上紧密相关，共同构成一个完整的交易或项目，且补充协议的目的是对主合同进行补充、修改或解释，而非独立存在，那么分开结算可能会引发争议。因为此时，补充协议的结算可能依赖于主合同的履行情况，或者主合同的结算也可能受到补充协议的影响。例如，在建设工程合同中，补充协议可能对主合同中的工程量、工期或质量标准进行了调整，这些调整必然会影响到最终的结算金额。
法律规定和合同解释原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同应当遵循诚实信用原则，按照约定全面履行自己的义务。在解释合同时，应当遵循文义解释、体系解释、目的解释等原则。因此，在判断主合同与补充协议是否可以分开结算时，需要综合考虑合同条款的字面含义、合同的整体结构、交易目的以及行业惯例等因素。
实际操作中的建议：
- 在实际操作中，为了避免争议和纠纷，建议双方在签订主合同和补充协议时，就结算方式、时间等关键条款进行明确约定。如果确实需要分开结算，应当在合同中明确说明分开结算的条件、方式和时间等。同时，双方还应当保留好相关的结算凭证和资料，以备不时之需。
若遇到主合同与补充协议结算方面的争议，建议双方首先通过友好协商解决；如果协商不成，可以依据合同中的仲裁条款或诉讼条款，通过仲裁或诉讼方式解决争议。在处理此类争议时，务必遵循法律规定和合同约定，确保双方的合法权益得到保障。
如有任何关于合同纠纷的法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。