在建设工程纠纷中，若原告主张的工程款数额明显存在问题，一般是由负有举证责任的一方，即原告或被告根据具体情况来申请鉴定，但实践中多由被告申请鉴定以反驳原告主张。以下从不同角度进行分析：

从举证责任分配角度

在民事诉讼中，遵循“谁主张，谁举证”的基本原则。原告主张工程款，应当对其主张的工程款数额承担举证责任，提供相应的证据来证明其主张的合理性，比如合同、结算单、施工记录等。然而，当原告提供的证据不足以证明其主张的工程款数额，或者被告对原告主张的数额提出合理质疑，认为数额明显存在问题时，举证责任可能会发生转移或者产生新的举证需求。此时，若被告认为原告主张的工程款数额缺乏依据或者与实际情况不符，为了反驳原告的主张，被告通常会申请对工程款数额进行鉴定，通过专业的鉴定机构来确定实际的工程款数额。例如，在一个建设工程合同纠纷中，原告依据一份自己制作的结算单主张高额工程款，但被告认为该结算单存在虚报工程量等问题，此时被告就可以申请对工程量及工程款进行鉴定。

从诉讼策略角度

从被告的诉讼策略来看，申请鉴定是一种有效的反驳手段。如果被告不申请鉴定，而原告提供的证据又存在一定的瑕疵但法院可能基于现有证据进行裁判，那么被告可能会面临不利的诉讼结果。通过申请鉴定，被告可以引入专业的第三方机构对工程款数额进行客观、公正的评估，从而为自己的抗辩提供有力的证据支持。例如，在一些复杂的建设工程纠纷中，工程款的计算涉及到大量的专业技术问题，如工程量的计算、工程造价的确定等，被告申请鉴定可以借助专业机构的专业知识和技术手段，更准确地确定工程款数额，提高自己胜诉的可能性。

从特殊情况角度

当然，也存在一些特殊情况。如果原告认为自己的主张有充分的证据支持，但为了进一步证明自己主张的合理性，也可以主动申请鉴定。比如，原告虽然提供了合同和结算单等证据，但被告对这些证据的真实性或合理性提出了强烈质疑，且原告认为通过鉴定可以更清晰地展示工程款的计算过程和依据，此时原告也可以申请鉴定。不过，这种情况相对较少，因为在诉讼中，原告作为主张权利的一方，通常更倾向于利用自己已有的证据来支持自己的主张，而不是主动增加诉讼成本去申请鉴定。

法律建议：在建设工程纠纷中，如果面临原告主张的工程款数额明显存在问题的情况，被告应积极收集证据，评估是否需要申请鉴定。如果决定申请鉴定，要及时向法院提出申请，并配合鉴定机构的工作，提供必要的资料和协助。同时，在整个诉讼过程中，要注意保留好与工程款相关的各种证据，以便在鉴定过程中或诉讼中维护自己的合法权益。如果对鉴定程序或鉴定结果有异议，要及时按照法律规定的程序提出异议或申请重新鉴定。

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