结论：合同中约定“协商不成，双方可由甲方所在地法院起诉”时，一般情况下不能在合同履行地起诉，但存在法定例外情形。以下是对此问题的详细分析：
一、合同约定优先原则
- 意思自治：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。这意味着，如果合同中明确约定了诉讼地点为甲方所在地，那么双方应当遵循这一约定。
- 约定效力：在合同有效且未违反法律强制性规定的情况下，约定的诉讼地点具有法律效力，对双方当事人具有约束力。因此，除非存在法定例外情形，否则乙方应当按照合同约定，向甲方所在地法院提起诉讼。
二、法定例外情形
尽管合同约定了诉讼地点，但在某些法定情形下，乙方仍有可能在合同履行地提起诉讼：
合同无效或条款无效：
- 如果合同本身被认定为无效，或者关于诉讼地点的条款因违反法律强制性规定而被认定无效，那么乙方可以在合同履行地或其他有管辖权的人民法院提起诉讼。例如，如果合同中的管辖条款显失公平，或者违反了级别管辖和专属管辖的规定，那么该条款可能被认定为无效。
被告提出管辖权异议并成功：
- 在某些情况下，即使合同中约定了诉讼地点，被告（甲方）也可能提出管辖权异议，认为案件应由其他有管辖权的人民法院审理。如果法院支持了被告的异议申请，那么案件可能会被移送至其他法院审理。但这种情况并不常见，且需要满足一定的条件。
专属管辖：
- 根据法律规定，某些特定类型的案件由特定的人民法院专属管辖，不受当事人约定的影响。例如，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。如果合同纠纷涉及不动产，且符合专属管辖的条件，那么乙方可以在不动产所在地（即合同履行地之一）提起诉讼。
三、实际操作建议
- 审查合同条款：在签订合同时，双方应当仔细审查合同中的管辖条款，确保条款的合法性和有效性。如果合同中已经约定了诉讼地点，且该约定不违反法律强制性规定，那么双方应当遵循该约定。
- 考虑法定例外情形：在提起诉讼前，乙方应当考虑是否存在法定例外情形，如合同无效、条款无效或专属管辖等。如果存在这些情形，乙方可以在合同履行地或其他有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 咨询专业律师：如果乙方对合同中的管辖条款或法定例外情形存在疑问，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
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